Automatización de pipelines de secuenciación de RNA en sistemas distribuidos

Abstract

Automatizar y estandarizar el procesamiento de datos de secuenciación de RNA es esencial para garantizar la calidad de los resultados de este tipo de análisis. Además, esto per- mite una mayor eficiencia en el análisis y la interpretación de los datos, ya que se pueden aplicar automáticamente métodos estandarizados para la limpieza y el preprocesamiento de los datos. Por otra parte poder realizar análisis exploratorios de manera ágil es crítico para poder diseñar estudios confirmatorios con rapidez. En este proyecto, se diseñó un sistema escalable para automatizar pipelines de secuenciación de RNA en sistemas distribuidos y se desarrolló un software de visualización de este tipo de datos para poder realizar análisis exploratorios de manera eficiente. Para demostrar la utilidad de estas herramientas se adjuntan tres estudios científicos que se realizaron en los últimos meses utilizando el producto de este trabajo fin de carrera.

Automatitzar i estandarditzar el processament de dades de seqüenciació d'RNA és essencial per a garantir la qualitat dels resultats d'aquesta mena d'anàlisi. A més, això permet una major eficiència en l'anàlisi i la interpretació de les dades, ja que es poden aplicar automàticament mètodes estandarditzats per a la neteja i el preprocessament de les dades. D'altra banda, poder elaborar anàlisis exploratòries de manera àgil és crític per a poder dissenyar estudis confirmatoris amb rapidesa. En aquest projecte, es va dissenyar un sistema escalable per a automatitzar pipelines de seqüenciació d'RNA en sistemes distribuïts i es va desenvolupar un programari de visualització d'aquesta mena de dades per a poder fer anàlisis exploratòries de manera eficient. Per a demostrar la utilitat d'aquestes eines s'adjunten tres estudis científics que es van dur a terme en els últims mesos utilitzant el producte d'aquest treball fi de carrera.

Automating and standardizing the processing of RNA sequencing data is essential to ensure the quality of RNA sequencing results. In addition, this allows for greater efficiency in data analysis and interpretation, as standardized methods for data cleaning and preprocessing can be applied automatically. On the other hand, being able to perform exploratory analyses in an agile manner is critical to be able to design confirmatory studies quickly. In this project, a scalable system was designed to automate RNA sequencing pipelines in distributed systems and visualization software was developed to efficiently perform exploratory analyses. To demonstrate the usefulness of these tools, three scientific studies that were carried out in recent months using the product of this thesis are attached.