Anàlisis de l'evolució del genoma de Physcomitrella patens

Abstract

En aquest treball s'ha analitzat l'evolució de Physcomitrella patens. Es realitzen dues aproximacions: per una part s'ha estudiat els elements transposables polimòrfics en diferents ecotips de l'organisme a partir de dades de Next Generation Sequencing. Per altra banda, s'ha estudiat l'evolució del genoma de P. patens en un clon reproduït vegetativament durant els darrers 8 anys. Aquest clon prové de l'utilitzat per realitzar l'anotació publicada l'any 2008, el genoma de referència. Això s'ha realitzat gràcies a la disposició de diferents reseqüenciacions en anys diferents. Totes aquestes anàlisis s'han realitzat utilitzant programes de detecció de polimorfismes de transposons que permetenl 'anàlisis de seqüenciacions en format paired-end.

In this paper, we analyzed the Physcomitrella patens evolution. We carried out two approximations to study this evolution. On the one side, we analyzed the polymorphisms in two ecotypes: Villersexel and Reute through data obtained by Next Generation Sequencing. On the other side, we analyzed the evolution of P. patens through multiple resequencing from the original clone used to generate the annotation that had been vegetative propagated during the last 8 years. This has been possible due to some resequencing samples that come from other ones resequenced during that time.

En este trabajo se ha analizado la evolución de Physcomitrella patens. Se realizan dos aproximaciones: por una parte se ha estudiado los elementos transposables polimórficos en diferentes ecotips del organismo a partir de datos de Next Generation Sequencing. Por otro lado, se ha estudiado la evolución del genoma de P. patens en un clon reproducido vegetativamente durante los últimos 8 años. Este clon proviene del utilizado para realizar la anotación publicada en 2008, el genoma de referencia. Esto se ha realizado gracias a la disposición de diferentes reseqüenciacions en años diferentes. Todos estos análisis se han realizado utilizando programas de detección de polimorfismos de transposons que permiten ¿análisis de secuenciaciones en formato paired-end.