Analysis of a collection of ChIPseq experiments with the ChromHMM program

Abstract

The volume of NGS information that is available for the scientific community to study gene regulation is constantly growing, making the analysis of such data more complex. Here we explored the use of chromatin segmentation methods, such as ChromHMM, to solve the problem in particular scenarios. Thus, we obtained different chromatin segmentation models focusing on the Polycomb group of proteins (PcG) and post-translational histone modifications in mouse Embryonic Stem Cells (mESC). We aimed to answer biological questions such as the meaning of intergenic H3K27me3 regions, or the PcG subunits complexity.

El volumen de información NGS que está disponible para la comunidad científica para estudiar la regulación de genes está en constante crecimiento, por lo que el análisis de estos datos más complejos. Aquí se exploró el uso de la segmentación de la cromatina Métodos, como ChromHMM, para resolver el problema en escenarios particulares. Así, se obtuvieron diferentes modelos de segmentación de la cromatina centrados en la Polycomb grupo de proteínas (PcG) y post-translational histona modificaciones en ratón de células madre embrionarias (mESC). Nuestro objetivo fue responder a preguntas biológicas como el significado de intergenic H3K27me3 regiones, o la subunidad PcG complejidad.

El volum d'informació NGS que està disponible per a la comunitat científica per a estudiar la regulació de gens està en constant creixement, per la qual cosa l'anàlisi d'aquestes dades més complexes. Ací es va explorar l'ús de la segmentació de la cromatina Mètodes, com ChromHMM, per a resoldre el problema en escenaris particulars. Així, es van obtenir diferents models de segmentació de la cromatina centrats en la Polycomb grup de proteïnes (PcG) i post-translational histona modificacions en ratolí de cèl·lules mare embrionàries (mESC). El nostre objectiu va ser respondre a preguntes biològiques com el significat de intergenic H3K27em3 regions, o la subunitat PcG complexitat.