Desarrollo de un proceso de análisis de datos RNA-seq, para el estudio de la expresión diferencial en distintos puntos en el tiempo

Abstract

El objetivo de este proyecto fue desarrollar un proceso de análisis de datos de RNA-seq, para estudiar los datos procedentes del estudio de diferenciación en distintos puntos en el tiempo. Con el uso de paquetes de R y Bioconductor , como DESeq2,se implementaron distintas funciones, tomando como referencia las preguntas planteadas por las investigadoras, para responderlas de una manera más precisa y adecuada. Como resultado, se obtuvieron unas funciones capaces de realizar un análisis de expresión diferencial clásico, así como responder a otras cuestiones que se habían planteado, como observar la expresión de un gen a lo largo del tiempo. Para comprobar los métodos desarrollados se analizaron las muestras procedentes de fibroblastos (FiPS), utilizadas como control. Se comprobó que el proceso de diferenciación de células de Schwann se produjo de la manera esperada. Además, se encontraron nuevos posibles marcadores de los distintos estadios de diferenciación usando las funciones implementadas. En conclusión, las distintas funciones implementadas funcionaban satisfactoriamente y se respondieron a las preguntas planteadas de manera apropiada.

The aim of this project was to develop an analysis process for RNA-seq data to study the differentiation of Schwann cells between time points. We implement several functions using R and Bioconductor packages, such as DESeq2. We did it taking as reference the biological questions researchers have, in order to answer it as properly as possible. Regarding to the implemented functions, we get some of them capable of analysing differential expressed genes, as well as, others to show specific gene expression over time, giving the user more flexibility to answer specific researcher¿s questions. In order to check this developed methodology, we analyse fibroblast samples (FiPS), which were used as control for the whole analysis. We prove that the differentiation process was taken place as expected. In addition, we found new possible markers for the different stages of differentiation process, using implemented functions. In conclusion, the several functions implemented worked to answer researcher questions properly.

L'objectiu d'aquest projecte va ser desenvolupar un procés d'anàlisi de dades de RNA-seq, per estudiar les dades procedents de l'estudi de diferenciació en diferents punts en el temps. Amb l'ús de paquets de R i Bioconductor , com DESeq2,es van implementar diferents funcions, prenent com a referència les preguntes plantejades per les investigadores, per respondre-les d'una manera més precisa i adequada. Com a resultat, es van obtenir unes funcions capaces de realitzar una anàlisi d'expressió diferencial clàssic, així com respondre a altres qüestions que s'havien plantejat, com observar l'expressió d'un gen al llarg del temps. Per comprovar els mètodes desenvolupats es van analitzar les mostres procedents de fibroblastos (FiPS), utilitzades com a control. Es va comprovar que el procés de diferenciació de cèl·lules de Schwann es va produir de la manera esperada. A més, es van trobar nous possibles marcadors dels diferents estadis de diferenciació usant les funcions implementades. En conclusió, les diferents funcions implementades funcionaven satisfactòriament i es van respondre a les preguntes plantejades de manera apropiada.