Framework para el análisis de datos ómicos

Abstract

Los recientes avances en las tecnologías de secuenciación masiva han simplificado el proceso de obtención de datos ómicos de forma considerable. La disponibilidad y crecimiento masivo de estos datos requiere de herramientas que simplifiquen el proceso de análisis. Con ese objetivo, una nueva herramienta es presentada en este trabajo para realizar análisis de expresión diferencial a datos procedentes de experimentos de microarray (Affymetrix) y RNA-Seq. La herramienta cubre el procedimiento habitual de análisis de expresión diferencial: exploración visual de los datos crudos, seguido de la identificación de genes diferencialmente expresados, finalizando con un proceso de anotación y análisis de enriquecimiento. Además, la herramienta permite configurar el análisis y exportar los datos. Para asegurar que puede ser utilizada por la mayoría, la herramienta ha sido diseñada con una interfaz de usuario simple e intuitiva mediante el paquete Shiny de R. La aplicación se encuentra públicamente disponible en Github (https://github.com/RubenSanchezF/TFM.)

The recent advances in high-throughput technologies have made the process of obtaining omics data easier than ever. The availability and explosive growth of these data require tools that simplify the process of analysis. Aiming just that, a new tool is presented in this work to perform differential expression analysis to Affymetrix microarray and RNA-Seq experiments. The tool covers the usual pipeline of gene expression analysis: a pre-analysis visual exploration of the data, followed by the identification of differential expressed genes, and ending with an annotation and enrichment analysis. In addition, the tool supports analysis configuration and data export. To ensure availability to all audience, the tool has been designed with an easy-to-use user interface as a Shiny application. The application is freely available to download in Github (https://github.com/RubenSanchezF/TFM.)

Els recents avanços en les tecnologies de seqüenciació massiva han simplificat el procés d'obtenció de dades ómicos de forma considerable. La disponibilitat i creixement massiu d'aquestes dades requereix d'eines que simplifiquin el procés d'anàlisi. Amb aquest objectiu, una nova eina és presentada en aquest treball per a realitzar anàlisi d'expressió diferencial a dades procedents d'experiments de bioxip (Affymetrix) i RNA-Seq. L'eina cobreix el procediment habitual d'anàlisi d'expressió diferencial: exploració visual de les dades crues, seguit de la identificació de gens diferencialment expressats, finalitzant amb un procés d'anotació i anàlisi d'enriquiment. A més, l'eina permet configurar l'anàlisi i exportar les dades. Per a assegurar que pot ser utilitzada per la majoria, l'eina ha estat dissenyada amb una interfície d'usuari simple i intuïtiva mitjançant el paquet Shiny de R. L'aplicació es troba públicament disponible en Github (https://github.com/rubensanchezf/tfm.)