Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/120830
Títol: | Workflow para encontrar ORFs en el extremo 5' y motivos de deslizamiento de la polimerasa en secuencias genómicas de miembros de la Familia Potyviridae |
Autoria: | Bambarén Capurro, Giannina Stephany |
Tutor: | Garrido Martín, Diego |
Altres: | Prados Carrasco, Ferran |
Resum: | Els virus vegetals, en particular Potyvirus i Ipomovirus, són patògens que causen greus pèrdues econòmiques en els cultius agrícoles. Conèixer els seus productes gènics pot ser útil per dissenyar estratègies per controlar aquestes patologies. Cal augmentar el coneixement sobre els patògens de plantes víriques, automatitzant el registre i l'anàlisi dels seus genomes, en un moment en què la seqüenciació del genoma és molt accessible per als investigadors. Tant els uORFs com les zones de relliscament de la polimerasa, són esdeveniments que responen a una necessitat evolutiva de virus sotmesos a un determinat tipus de condició. Molts d'aquests esdeveniments generen estratègies per a virus per millorar la seva adaptabilitat i capacitat infecciosa. El coneixement d'aquestes àrees ens ajuda a comprendre la seva biologia i a prevenir els possibles riscos. En aquest sentit, aquest treball intenta resoldre alguns d'aquests problemes. Les uORF es busquen a les zones 5'-UTR de Ipomovirus. A més, FIMO i gkm-SVM també es proven com a eines per a la cerca de zones de lliscament de la polimerasa. Finalment, sobre l'ús d'aquestes dues eines, es troba que gkm-SVM és un potent algorisme de classificació molt més precís que el FIMO en la cerca de zones de lliscament de la polimerasa, però, els costos de formació de l'algorisme són molt més alts per cercar motius mitjançant FIMO. |
Paraules clau: | gkm-SVM ORF FIMO |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 24-jun-2020 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
gkm-svm.Rmd | 35,98 kB | RMD | Veure/Obrir | |
orf_finder.R | 13,07 kB | RMD | Veure/Obrir | |
gbambarenTFM0620memoria.pdf | Memoria del TFM | 1,11 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
gbambarenTFM0620workflow.pdf | Workflow del TFM | 1,28 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons