Análisis de la variación nucleotídica de la región génica que incluye el gen phantom en poblaciones de Drosophila melanogaster de África y Norteamérica

Abstract

La especie Drosophila melanogaster es originaria de África subsahariana y mediante el 'comensalismo' con los humanos se ha expandido por todo el mundo. Debido a la relativamente reciente expansión, los efectos de la adaptación al nuevo clima además del efecto demográfico se deberían de reflejar en el genoma. En una población europea, se habían encontrado huellas de la selección en una región del cromosoma X que incluye el gen phantom. En este trabajo se analiza la variación nucleotídica en esta misma región en busca de huellas de la selección en cuatro poblaciones de D. melanogaster (una norteamericana y tres africanas. Asimismo, se comparan las poblaciones africanas para ver si se han diferenciado. Para ello, las secuencias se ubican en el genoma, se alinean y se analizan mediante los programas bioinformáticos BLAST, MEGA y DnaSp. Con los resultados obtenidos se llega a las siguientes conclusiones: En el caso de las tres poblaciones africanas se observa que se rechaza la neutralidad, pero probablemente este efecto se genere en otra región cercana. En el caso de la población estadounidense la diversidad nucleotídica es muy baja. Aunque se rechaza la neutralidad también se deben de realizar más análisis para comprobar con total certeza la existencia de selección en esta región. Por otro lado, las poblaciones africanas se han diferenciado entre sí, pero al realizar comparaciones en grupos de dos en dos la única diferenciada es la población etíope.

Drosophila melanogaster is a specie originated in central Africa that moved to warmer zones. The relatively recent expansion must reflect the effect of the adaptation to the new climate in addition to the demographic effect. The intents of this document are to make a polymorphism analysis in order to uncover the footprint left by selection in the X chromosome where the phantom gene is located and to compare three African populations. The footprint left by selection in this region was uncovered in a European population, so now the survey´s aim is to uncover this effect in a North American and three African populations. Firstly, the sequences are located in the genome, aligned and analyzed using bioinformatic tools such as BLAST, MEGA and DnaSP. As seen in the results, in the case of the three African populations neutrality is rejected, but this effect is probably generated in another nearby region. In the case of the American population, nucleotide diversity is very low. Neutrality is rejected also, but further analysis must be performed to fully verify if selection exists in this region. To finish, African populations have been differentiated from each other, but when making comparisons in groups of two, the only differentiated population is the Ethiopian one.

L'espècie Drosophila melanogaster és originària de l'Àfrica subsahariana i mitjançant el 'comensalisme' amb els humans s'ha expandit per tot el món. A causa de la relativament recent expansió, els efectes de l'adaptació a el nou clima a més de l'efecte demogràfic s'haurien de reflectir en el genoma. En una població europea, s'havien trobat petjades de la selecció en una regió de l'cromosoma X que inclou el gen phantom. En aquest treball s'analitza la variació nucleotídica en aquesta mateixa regió a la recerca d'empremtes de la selecció en quatre poblacions de D. melanogaster (una nord-americana-tres africanes. Així mateix, es comparen les poblacions africanes per veure si s'han diferenciat. Per a això, les seqüències se situen en el genoma, s'alineen i s'analitzen mitjançant els programes bioinformàtics BLAST, MEGA i DnaSp. Amb els resultats obtinguts s'arriba a les següents conclusions: en el cas de les tres poblacions africanes s'observa que es rebutja la neutralitat, però probablement aquest efecte es generi en una altra regió propera. en el cas de la població nord-americana la diversitat nucleotídica és molt baixa. Tot i que es rebutja la neutralitat també s'han de realitzar més anàlisis per comprovar amb total certesa l'existència de selecció en aquesta regió. d'altra banda, les poblacions africanes s'han diferenciat entre si, però a l'realitzar comparacions en grups de dos en dos l'única difere nciada és la població etíop.