Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/127052
Títol: | Long non-coding RNAs annotation in Strongylocentrotus purpuratus. Studying the need of a reference genome. |
Autoria: | Doblado Martín, Sonia |
Tutor: | Pegueroles Queralt, Cinta |
Altres: | Maceira, Marc |
Resum: | L'objectiu de la feina és esbrinar si és possible anotar lncRNAs de manera efectiva sense disposar de l'genoma publicat de l'espècie objectiu com a referència. Per a això, en aquest estudi s'anoten els lncRNAs d'una espècie el genoma si està disponible, amb lncRNAs ja anotats i de la qual hi ha dades de RNA-Seq, com és Strongylocentrotus purpuratus. Aquestes dades d'experiments RNA-Seq previs es van utilitzar per acoblar un transcriptoma de novo mitjançant el programari Trinity. A partir d'aquest transcriptoma, es van anotar lncRNAs de dues maneres diferents via FEELnc: i) es va obtenir una llista de possibles lncRNAs filtrant els transcrits de novo i ii) fem servir un algoritme de machine learning entrenat amb lncRNAs ja anotats per a l'espècie. Finalment, comparem aquests resultats entre ells i contra el set de lncRNAs obtingut usant el genoma de referència, sent aquest el protocol estàndard. Segons els nostres resultats, seria possible anotar els lncRNAs sense genoma de referència. Hi ha una diferència en la quantitat de lncRNAs anotats entre els nostres dos sets de només un 1,03%, i hem anotat un 41,6% dels lncRNAs ja anotats amb genoma de referència per a S. purpuratus en l'estudi més recent disponible. |
Paraules clau: | lncRNA transcriptoma de novo assembly |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | gen-2021 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
Long non-coding RNAs annotation in Strongylocentrotus purpuratus. Studying the need of a reference genome..mp4 | 24,43 MB | MP4 | Veure/Obrir | |
Diapositivas Long non-coding RNAs annotation in Strongylocentrotus purpuratus. Studying the need of a reference genome.pdf | 1,11 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir | |
sdobladomTFM0121memoria.pdf | Memoria del TFM | 1,31 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative CommonsLlicència Creative Commons