Determinación del perfil de la enzima óxido nítrico reductasa

Abstract

El objetivo del proyecto fue establecer el perfil (o perfiles) de la enzima óxido nítrico reductasa (nor) ya que los perfiles disponibles actualmente no son adecuados, y la obtención de perfiles con capacidad discriminante permitirían generar nuevos conocimientos para identificar la enzima en genomas ya secuenciados o en secuencias obtenidas de novo, obtener nuevas cepas bacterianas con propiedades interesantes para su uso en agricultura y medio ambiente, o para estudios de biodiversidad, que darán lugar a nuevos conocimientos en relación a la nor, y permitirá a la comunidad científica adquirir una mayor comprensión de los mecanismos de desnitrificación, lo que en último lugar permitirá desarrollar estrategias viables para reducir las emisiones de N2O. El enfoque y metodología propuestos en este proyecto para cumplir con los objetivos del proyecto, está basado en los trabajos realizados Udaondo y col. y éstos se basan en aprovechar la gran cantidad de información disponible existente (secuencias) para establecer el perfil de la enzima mediante la construcción o elaboración de perfiles generalizados PROSITE. En el árbol filogenético se observaron tres tipos de nor (cNOR, vNOR, qNOR+qCuNOR) que se corresponden con la literatura. Se observó que los perfiles generalizados obtenidos para cada clase de nor tenían capacidad para identificar y discriminar entre tipos de nor en el genoma de un organismo e igualmente identificar la proteína en bases de datos se secuencias no anotadas. Sin embargo, no se pudo realizar una validación más exhaustiva por lo que se considera necesario realizar más trabajos en un futuro.

L'objectiu del projecte va ser establir el perfil (o perfils) de l'enzim òxid nítric reductasa (nor) ja que els perfils disponibles actualment no són adequats, i l'obtenció de perfils amb capacitat discriminant permetrien generar nous coneixements per a identificar l'enzim en genomes ja seqüenciats o en seqüències obtingudes de novo, obtenir nous ceps bacterians amb propietats interessants per al seu ús en agricultura i medi ambient, o per a estudis de biodiversitat, que donaran lloc a nous coneixements en relació a la nor, i permetrà a la comunitat científica adquirir una major comprensió dels mecanismes de desnitrificació, la qual cosa en últim lloc permetrà desenvolupar estratègies viables per a reduir les emissions de N2O. L'enfocament i metodologia proposats en aquest projecte per a complir amb els objectius del projecte, està basat en els treballs realitzats Udaondo i col. i aquests es basen a aprofitar la gran quantitat d'informació disponible existent (seqüències) per a establir el perfil de l'enzim mitjançant la construcció o elaboració de perfils generalitzats PROSITE. En l'arbre filogenètic es van observar tres tipus de nor (cNOR, vNOR, qNOR+*qCuNOR) que es corresponen amb la literatura. Es va observar que els perfils generalitzats obtinguts per a cada classe de nor tenien capacitat per a identificar i discriminar entre tipus de nor en el genoma d'un organisme i igualment identificar la proteïna en bases de dades se seqüencies no anotades. No obstant això, no es va poder realitzar una validació més exhaustiva pel que es considera necessari fer més treballs en un futur.

The objective of the project was to establish the profile (or profiles) of the enzyme nitric oxide reductase (nor) since the profiles currently available are not adequate, and obtaining profiles with discriminant capacity would allow generating new knowledge to identify the enzyme in genomes already sequenced or in sequences obtained de novo, obtain new bacterial strains with interesting properties for use in agriculture and the environment, or for biodiversity studies, which will lead to new knowledge in relation to N2O, and will allow the scientific community to gain a better understanding of the mechanisms of denitrification, which will ultimately allow the development of viable strategies to reduce N2O emissions. The approach and methodology proposed in this project to meet the objectives of the project is based on the work done by Udaondo et al. and these are based on taking advantage of the large amount of existing available information (sequences) to establish the profile of the enzyme through the construction or elaboration of generalized PROSITE profiles. Three types of nor (cNOR, vNOR, qNOR+qCuNOR) were observed in the phylogenetic tree, which correspond to the literature. It was observed that the generalized profiles obtained for each class of nor had the ability to identify and discriminate between nor types in the genome of an organism and also identify the protein in unannotated sequence databases. However, it was not possible to However, a more comprehensive validation could not be performed and further work is considered necessary in the future.