Desarrollo de un método de predicción de actividad proteica a partir de su secuencia aminoacídica

Abstract

La revolución en cuanto a la obtención de datos biológicos procedentes de la secuenciación de alto rendimiento genera un distanciamiento importante entre los datos secuenciados y los datos analizados. Para reducir esta distancia, y poder llegar a un mayor entendimiento de la información que disponemos, se hace necesaria la aparición de herramientas que permitan digerir tanta información generada y ponerla en situación disponible para la comunidad científica para su comprensión y utilización en las diferentes áreas. Es por ello, por lo que hoy en día se trabaja concienzudamente en la realización de métodos informáticos, que permitan en cierta medida, completar el trabajo realizado por los métodos experimentales costosos y laboriosos, aunque necesarios, puesto que constituyen, en la mayoría de las ocasiones, la base sobre la que trabajar con los métodos informáticos. Con este trabajo se pretende proponer un método sencillo de predicción de función proteica basándose en la homología de secuencias de proteínas con función conocida y anotadas mediante el sistema de ontología de genes.

The revolution in obtaining biological data from the high-throughput sequencing generates a significant gap between sequenced data and analyzed data. In order to reduce this problem, and to find a better understanding of the information we have, it is necessary the emergence of tools to digest the enormous quantity of information generated and make it available to the scientific community for their understanding and use in different fields. That is why nowadays, the bioinformaticians are hard working to develop computational methods that allow in this context, complete the work done by the expensive and laborious experimental methods, which are necessary, since they are in most cases, the basis on which to work using bioinformatic tools. This work aims to propose a simple method for predicting protein function based on sequence homology of proteins with known and annotated functions by gene ontology system.

La revolució pel que fa a l'obtenció de dades biològiques procedents de la seqüenciació d'alt rendiment genera un distanciament important entre les dades seqüenciades i les dades analitzades. Per reduir aquesta distància, i poder arribar a un major enteniment de la informació que disposem, es fa necessària l'aparició d'eines que permetin digerir tanta informació generada i posar-la en situació disponible per a la comunitat científica per la seva comprensió i utilització en les diferents àrees. És per això, pel que avui en dia es treballa a consciència en la realització de mètodes informàtics, que permetin en certa mesura, completar el treball realitzat pels mètodes experimentals costosos i laboriosos, encara que necessaris, ja que constitueixen, en la majoria de les ocasions, la base sobre la qual treballar amb els mètodes informàtics. Amb aquest treball es pretén proposar un mètode senzill de predicció de funció proteica basant-se en l'homologia de seqüències de proteïnes amb funció coneguda i anotades mitjançant el sistema d'ontologia de gens.