Workflow para asociar segmentos de una secuencia genómica a una familia de proteínas de interés.

Abstract

El objetivo del presente trabajo ha sido crear un workflow que permita seleccionar segmentos de un genoma microbiano que sean posibles candidatos de pertenecer a una familia funcional de proteínas descrita en CAZy. El pipeline para llevar a cabo este objetivo se ha diseñado en 5 fases principales: preparación de la base de datos CAZy, recuperación de secuencias fasta de proteínas de una familia funcional, análisis de homología por secuencia mediante alineamientos a pares y múltiples y búsqueda por patrón funcional. Para la realización del trabajo se han utilizado múltiples herramientas específicas para cada fase de análisis, como BLAST y HMMR3, y se han establecido los criterios óptimos que permitieran identificar las regiones de similitud en la secuencia genómica microbiana.

L'objectiu del present treball ha estat crear un workflow que permeti seleccionar segments d'un genoma microbià que siguin possibles candidats de pertànyer a una família funcional de proteïnes descrita en CAZy. El pipeline per dur a terme aquest objectiu s'ha dissenyat en 5 fases principals: preparació de la base de dades CAZy, recuperació de seqüències fasta de proteïnes d'una família funcional, anàlisi d'homologia per seqüència mitjançant alineaments a parells i múltiples i cerca per patró funcional. Per a la realització del treball s'han utilitzat múltiples eines específiques per a cada fase d'anàlisi, com BLAST i HMMR3, i s'han establert els criteris òptims que permetessin identificar les regions de similitud en la seqüencia genòmica microbiana.

The aim of the present work has been to create a workflow that allow to select segments of a microbial genome that they are possible candidates to belong to a functional family of proteins described in CAZy. The pipeline to carry out this aim has designed in 5 main phases: preparation of the database CAZy, recovery of sequences fasta of proteins of a functional family, analysis of homology for sequence by means of alineaments to pairs and multiple and search for functional pattern. For the realisation of the work have used multiple specific tools for each phase of analysis, and BLAST and HMMR3, and have established the optimum criteria that allowed to identify the regions of similitud in the seqüencia microbial genomics.