Uso de datos genómicos para la identificación de miRNAs predictores de supervivencia en adenocarcinoma

Abstract

En este trabajo se muestra el estudio comparativo entre muestras tumorales adenocarcinosas de pacientes de alta y baja supervivencia con el objetivo de detectar moléculas de microRNA que estén diferencialmente expresadas y que sean predictoras de supervivencia. Usando información obtenida del repositorio The Genome Cancer Atlas, se extraen resultados de conteos de miRNAs y se procesan mediante software estadístico R para obtener expresión diferencial. Se realiza un análisis de supervivencia y se estudian los genes diana del panel de genes resultantes. Se realiza un análisis de enriquecimiento GO y KEGG y se buscan posibles interacciones microRNA-RNA mensajero. Se consigue una firma de expresión predictora de supervivencia consistente en 23 miRNA, repartidos entre todos los cánceres y 95 interacciones miRNA-mRNA para 15 miRNAs de los anteriores. Se muestra un método fiable y robusto de extracción de expresión diferencial de miRNAs a partir de datos genómicos. La determinación de los niveles de expresión de dichos miRNA podría constituir una herramienta para el diagnóstico y tratamiento personalizado de los pacientes.

This study aims to develop microRNA expression signature for adenocarcinome tumoral patients divided in two groups based on their survival values. Using TCGA (The Genome Cancer Atlas) genomic information, miRNA counts are extracted and processed with statistical software R in order to obtain differential expression information. Target study, Go and KEGG enrichment and interaction studies are done in order to extract knowledge of the comparison. 23 miRNA expression signature is found, as well as 95 possible interactions miRNA-mRNA are detected. A reliable differential expression and survival analysis using genomic information is shown. The calculation of miRNA expression levels can consstitute a powerful tool for the diagnosis and personalized treatment of the cancer patients.

En aquest treball es mostra l'estudi comparatiu entre mostres tumorals adenocarcinosas de pacients d'alta i baixa supervivència amb l'objectiu de detectar molècules de microRNA que estiguin diferencialment expressades i que siguin predictoras de supervivència. Usant informació obtinguda del repositori The Genome Cancer Atles, s'extreuen resultats de comptatges de miRNAs i es processen mitjançant programari estadístic R per obtenir expressió diferencial. Es realitza una anàlisi de supervivència i s'estudien els gens diana del panell de gens resultants. Es realitza una anàlisi d'enriquiment GO i KEGG i es busquen possibles interaccions microRNA-RNA missatger. S'aconsegueix una signatura d'expressió predictora de supervivència consistent en 23 miRNA, repartits entre tots els càncers i 95 interaccions miRNA-mRNA per 15 miRNAs dels anteriors. Es mostra un mètode fiable i robust d'extracció d'expressió diferencial de miRNAs a partir de dades genómicos. La determinació dels nivells d'expressió de dites miRNA podria constituir una eina per al diagnòstic i tractament personalitzat dels pacients.