Bacterial degradation of petroleum hydrocarbons; a comparative genomics study of the genes involved in the catabolic pathways of naphthalene

Abstract

En este trabajo proponemos un estudio genético comparativo de los genes involucrados en la ruta catabólica del naftaleno. Usando la enzima naftaleno 1,2-dioxigenasa ferrodoxin-NAD(P)+ reductasa (NahAa, Acc. Number: AAS79488.1) de Pseudomonas putida como marcador filogenético, intentamos identificar las proteínas homólogas presentes en las bases de datos de NCBI. Por genómica comparativa, pretendemos identificar los posibles grupos de las vías catabólicas del naftaleno y la estructura de los operones. Los resultados de este estudio indican que las bacterias degradan naftaleno principalmente a través de la vía "clásica" de naftaleno, descrita para el género Pseudomonas o a través de la ruta alternativa del gentisato-salicilato.

En aquest treball proposem un estudi genètic comparatiu dels gens involucrats en la ruta catabòlica del naftaleno. Usant l'enzim naftaleno 1,2-dioxigenasa ferrodoxin-*NAD(P)+ reductasa (NahAa, Acc. Number: AAS79488.1) de Pseudomonas putida com a marcador filogenètic, intentem identificar les proteïnes homòlogues presents en les bases de dades de NCBI. Per genòmica comparativa, pretenem identificar els possibles grups de les vies catabòliques del naftaleno i l'estructura dels operons. Els resultats d'aquest estudi indiquen que els bacteris degraden naftaleno principalment a través de la via "clàssica" de naftaleno, descrita per al gènere Pseudomonas o a través de la ruta alternativa del gentisato-salicilato.

Here we propose a comparative genetics study of the genes involved in the catabolic pathway of naphthalene, using the naphthalene 1,2-dioxygenase system ferredoxin-NAD(P)+ reductase enzyme (NahAa, Acc. Number: AAS79488.1) from Pseudomonas putida as a phylogenetic marker. By that way we intent to identify the homologous proteins present in the NCBI databases and through the proteins make conclusions about possible groups of the catabolic pathways of naphthalene and their operon structure. Results of this study indicate that bacteria mainly degrade naphthalene through either the ¿classic¿ nah pathway described for Pseudomonas genus or the alternative gentisate-salicylate pathway.