Identificación de neoantígenos a partir de datos de ultrasecuenciación y aplicación posterior en análisis de supervivencia en pacientes con cáncer colorrectal

Abstract

En este proyecto, se desarrolla una predicción y posterior análisis de supervivencia de neoantígenos en cáncer colorrectal. Con el fin de alcanzar los propósitos, se han obtenido los datos de NGS a partir del portal de TCGA y se ha realizado su posterior análisis mediante herramientas bioinformáticas y servidores web especializados. El resultado obtenido ha sido un listado de neoantígenos diferenciados según su afinidad de unión al complejo MHC-I y un análisis de supervivencia con los neoantígenos como variable predictor. Se concluye que el proyecto se ha realizado con éxito obteniendo un método más estricto y fiable de predicción de neoantígenos.

En aquest projecte, es desenvolupa una predicció i posterior anàlisi de supervivència de neoantígens en càncer colorrectal. Amb la finalitat d'aconseguir els propòsits, s'han obtingut les dades de NGS a partir del portal de TCGA i s'ha realitzat la seva posterior anàlisi mitjançant eines bioinformàticas i servidors web especialitzats. El resultat obtingut ha estat un llistat de neoantígens diferenciats segons la seva afinitat d'unió al complex MHC-I i una anàlisi de supervivència amb els neoantígens com a variable predictor. Es conclou que el projecte s'ha realitzat amb èxit obtenint un mètode més estricte i fiable de predicció de neoantígens.

In this project, a prediction and subsequent survival analysis of neoantigens in colorectal cancer is developed. In order to achieve the purposes, the NGS data have been obtained from the TCGA portal and its subsequent analysis has been carried out using bioinformatics tools and specialized web servers. The result obtained was a list of differentiated antigens according to their binding affinity to the MHC-I complex and a survival analysis with neoantigens as a variable predictor. It is concluded that the project has been carried out successfully obtaining a more strict and reliable method of predicting neoantigens.