Visualización mediante shiny de la calidad de los datos de RNA-Seq relacionados con el sistema inmune y el cáncer

Abstract

Debido al alza en la incidencia del cáncer en la población, ha llegado a ser la segunda causa de muerte en el mundo. Por ello, el estudio del sistema inmune relacionado con esta enfermedad es prioritario, investigar en qué falla y cómo se modifica la expresión de las células linfocíticas. Así se ganaría información acerca de la evasión inmune llegando a poder reconocer posibles checkpoints o dianas farmacológicas en las que actuar con diferentes tipos de fármacos, inmunoterapias u otras terapias personalizadas posibles. Para poder analizar la expresión génica es preciso primero realizar un pre-filtrado, control y normalización de los resultados obtenidos por las muestras de un estudio RNA-seq. Esto es lo que se pretende en este estudio, mostrando además las diferentes etapas de los resultados obtenidos con gráficos y tablas en una aplicación hecha con el paquete shiny. Las muestras se obtuvieron de la página web de gene expression omnibus. Se utilizó el paquete edgeR así como DT entre otros para la construcción de la aplicación. Además se incluye en la memoria: el informe del presupuesto para un pequeño laboratorio y centro de investigación que secuencie el genoma de los clientes y que realice también otros estudios derivados de las ciencias ómicas de otros centros como hospitales, institutos y centros de investigación.

Due to the increasing incidence of cancer in the population, it has become the second cause of death worldwide. Due to this, the study of the relation of the immune system with cancer disease is critical to research in what fails and how the expression on lymphocytic cells is modified. Therefore information about immune evasion would be reached leading to possible checkpoints or pharmacological target in which we could treat with different types of drugs, immunotherapy, or other therapies as personalized therapy. In order to conduct a study of genetic expression it is a must to first pre-filter, control and normalize the results obtained samples obtained from a RNA-Seq experiment. This is what is intended in this study, showing also the different stages of results obtained with graphics and tables in an application made with the shiny package. The samples were obtained from the gene expression omnibus webpage. The edgeR and DT packages were used for the application construction. It is as well included in the memory a report of the budget for a small lab and research center that sequences the client¿s genomes as well as other omic studies from other centers as hospitals, institutes and research centers.

A causa de l'alça en la incidència del càncer en la població, ha arribat a ser la segona causa de mort al món. Per això, l'estudi del sistema immune relacionat amb aquesta malaltia és prioritari, investigar en quina falla i com es modifica l'expressió de les cèl·lules linfocíticas. Així es guanyaria informació sobre l'evasió immune arribant a poder reconèixer possibles checkpoints o dianes farmacològiques en les quals actuar amb diferents tipus de fàrmacs, immunoteràpies o altres teràpies personalitzades possibles. Per poder analitzar l'expressió gènica cal primer realitzar un pre-filtrat, control i normalització dels resultats obtinguts per les mostres d'un estudi RNA-seq. Això és el que es pretén en aquest estudi, mostrant a més les diferents etapes dels resultats obtinguts amb gràfics i taules en una aplicació feta amb el paquet shiny. Les mostres es van obtenir de la pàgina web de gene expression omnibus. Es va utilitzar el paquet edgeR així com DT entre uns altres per a la construcció de l'aplicació. A més s'inclou en la memòria: l'informe del pressupost per a un petit laboratori i centre de recerca que seqüenciï el genoma dels clients i que realitzi també altres estudis derivats de les ciències ómicas d'altres centres com a hospitals, instituts i centres de recerca.