Identificación de vías moleculares alteradas por mutaciones en kras y/o supervivencia en cáncer de colon

Abstract

En este trabajo se muestra el estudio comparativo de expresión diferencial de microRNAs (miRs) y ARN mensajeros (ARNm) en pacientes con adenocarcinoma de colon (COAD) subdividiendo a la muestra por dos criterios: estado mutacional de KRAS y baja o alta supervivencia. También se muestran las interacciones entre miRs sobreexpresados y ARNm infraexpresados en pacientes con COAD indicando genes que puedan ejercer alguna función por alteraciones en KRAS o en supervivencia. Los resultados servirán para encontrar posibles predictores moleculares que ayuden a determinar la relación del tumor con mutaciones en KRAS y la tasa de supervivencia. Obtenemos la información de los conteos de genes del repositorio The Genome Cancer Atlas (TCGA), así como los datos clínicos. Trabajamos con el lenguaje de programación R en RStudio, sirviéndonos del repositorio Bioconductor para los análisis bioestadísticos. Para el análisis comparativo de expresión diferencial, búsqueda de interacciones miRs-ARNm y análisis de enriquecimiento GO trabajamos con el paquete miRComb.

In this study we show a comparative study of miRs's and mRNA's differentially expressed genes in patients with colon adenocarcinome (COAD), subdividing the sample by two criteria: KRAS mutational status and survival¿s rate. The interactions between overexpressed miRs and underexpressed mRNA in the disease are also shown. This can indicate genes that may play a role in COAD. Results can be used to find possible molecular predictors that would help us determine the relationship of tumours with KRAS mutation and/or survival rate. Using The Genome Cancer Atlas (TCGA) genomic information, miRs and mRNA counts were extracted, as well as clinical data. For computing bio statistical analysis, we use Bioconductor repository which use R statistical programming language in RStudio. Differential expression comparative searching for miRs-mRNA interaction and GO enrichment analysis was computed with the package miRComb.

En aquest treball es mostra l'estudi comparatiu d'expressió diferencial de microRNAs (mirs) i ARN missatgers (ARNm) en pacients amb adenocarcinoma de còlon (Coad) subdividint a la mostra per dos criteris: estat mutacional de KRAS i baixa o alta supervivència . També es mostren les interaccions entre mirs sobreexpressats i ARNm infraexpresados en pacients amb Coad indicant gens que puguin exercir alguna funció per alteracions en KRAS o en supervivència. Els resultats serviran per trobar possibles predictors moleculars que ajudin a determinar la relació del tumor amb mutacions en KRAS i la taxa de supervivència. Obtenim la informació dels recomptes de gens del repositori The Genome Cancer Atlas (TCGA), així com les dades clíniques. Treballem amb el llenguatge de programació R en RStudio, servint-nos del repositori Bioconductor per a les anàlisis estadístics. Per a l'anàlisi comparativa d'expressió diferencial, recerca d'interaccions mirs-ARNm i anàlisi d'enriquiment GO treballem amb el paquet miRComb.