Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/82085
Títol: | Anotación de nuevos microRNAs en el genoma porcino mediante una aproximación basada en Machine Learning |
Autoria: | Mármol Sánchez, Emilio |
Tutor: | Pla Planas, Albert |
Altres: | Universitat Oberta de Catalunya Morán Moreno, Jose Antonio |
Resum: | La predicció computacional de microRNAs (miRNAs) suposa un camp de recerca actiu en l'actualitat, sobretot en espècies no model les anotacions de les quals són encara limitades i poc fiables. Mitjançant la utilització d'una aproximació basada en algorismes de Machine Learning com el Support Vector Machine (SVM) i Random Forest (RF), i fent ús de la comparació per homologia en l'anotació de miRNAs en humà, hem desenvolupat un procés per a la identificació i anotació de nous candidats a estructures pre-miRNA en el genoma porcí. Partint de la generació d'un set de dades positives i negatius, filtrats segons grandària i conformació estructural, es van definir diversos atributs estructurals per a cada seqüència, amb l'objectiu d'entrenar un model SVM de Machine Learning. Un conjunt de seqüències candidates obtingudes mitjançant comparació per homologia, van ser classificades com a candidats pre-miRNAs pel model SVM entrenat prèviament, i posteriorment filtrades mitjançant una anàlisi de fiabilitat de posició genòmica (Neighbouring Score). Mitjançant aquest procés vam ser capaços d'identificar un total de 26 noves seqüències pre-miRNA candidates en el genoma porcí. D'entre elles va destacar el miRNA ssc-miR-483, homòleg del miRNA homònim en humà hsa-miR-483, allotjat en el intrón 2 del gen IGF2, la funció del qual estaria lligada a la regulació de la proliferació cel·lular i la diferenciació d'adipòcits, influint en la capacitat d'integració i dipòsit de lípids en resposta a variacions en la ingesta d'aliments. Aquests resultats podrien ampliar el coneixement sobre la regulació del metabolisme energètic i lipídic en l'espècie porcina. |
Paraules clau: | microRNA aprenentatge automàtic màquines de vectors de suport |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | jun-2018 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
1.Pig_positive_set.fa | 47,96 kB | Unknown | Veure/Obrir | |
2.Pig_negative_set.fa | 38,66 kB | Unknown | Veure/Obrir | |
3.Human_positive_set.fa | 179,14 kB | Unknown | Veure/Obrir | |
4.Human_negative_set.fa | 265,92 kB | Unknown | Veure/Obrir | |
5.Pseudo-miRNAs_set.fa | 815,6 kB | Unknown | Veure/Obrir | |
9.miRNAs_Predicted.txt | 18,97 kB | Text | Veure/Obrir | |
10.Novel_miRNAs_Predicted.txt | 1,09 kB | Text | Veure/Obrir | |
emarmolsTFM0618memoria.pdf | Memoria del TFM | 1,17 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons