Estudio metagenómico de microbioma oral humano con diferente severidad en diabetes tipo 2, caracterización a nivel de composición y funcional

Abstract

La finalidad de este trabajo ha sido caracterizar la diabetes tipo 2 con distinto grado de severidad desde un punto de vista metagenómico, realizando un análisis de composición microbiológica y funcional. Los datos donde se ha aplicado el análisis, provienen de un estudio observacional caso-control realizado en población china, con 31 sujetos clasificados en cuatro grupos distintos según presentasen diabetes tipo 2 y periodontitis o no. En ellos se secuenció el gen que codifica para 16S rRNA con la plataforma 454 GS FLX Titanium. Se llevaron a cabo análisis sobre diversidad alfa y beta, así como análisis de composición taxonómica gracias a la herramienta QIIME2, mientras que el paquete limma en Rstudio, permitió el cálculo de funciones diferencialmente expresadas en los grupos de interés, inferidas a partir de los datos del 16S rRNA gracias a PICRUST.

La finalitat d'aquest treball ha estat caracteritzar la diabetis tipus 2 amb diferent grau de severitat des d'un punt de vista metagenómico, realitzant una anàlisi de composició microbiològica i funcional. Les dades on s'ha aplicat l'anàlisi, provenen d'un estudi observacional caso-control realitzat en població xinesa, amb 31 subjectes classificats en quatre grups diferents segons presentessin diabetis tipus 2 i periodontitis o no. En ells es va seqüenciar el gen que codifica per 16S rRNA amb la plataforma 454 GS FLX Titanium. Es van dur a terme anàlisi sobre diversitat alfa i beta, així com anàlisi de composició taxonómica gràcies a l'eina QIIME2, mentre que el paquet limma en Rstudio, va permetre el càlcul de funcions diferencialment expressades en els grups d'interès, inferides a partir de les dades del 16S rRNA gràcies a PICRUST.

The purpose of this study has been to characterize type 2 diabetes with different severity from a metagenomic point of view, performing a microbiology and functional analysis. The analysis was applied on data from an observational case-control study performed in Chinese population, with 31 subjects classified into four different groups according to whether they presented type 2 diabetes and periodontitis or not. The gene coding for 16S rRNA was sequenced with the 454 GS FLX Titanium platform. Analysis of alpha and beta diversity as well as taxonomy, were carried out with QIIME2 tool, while the package limma on Rstudio, allowed the calculation of differentially expressed functions in groups of interest, inferred from the 16S rRNA data thanks to PICRUST.