Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/82266
Títol: | Integración de variantes genómicas en estructuras de proteínas |
Autoria: | Arenivar Díaz, Diego Alberto |
Tutor: | Fernandez, Guerau |
Altres: | Marco-Galindo, Maria-Jesús |
Resum: | En les proteïnes, poden presentar-se variacions genòmiques que produeixen canvis aminoacídicos, i aquest fenomen sol associar-se amb problemes de salut greus, com a trastorns en el desenvolupament neuronal, malalties en el sistema digestiu, malalties cardiovasculars, càncer, entre molts altres patiments. Amb els arxius en format VCF (per les seves sigles en anglès Variant Call Format) o Format de Cridada Variant és senzill interpretar quins han estat les variants genòmiques per posició per a una seqüència determinada, és per això, que en aquest treball es pretenen localitzar tals variants a nivell tridimensional directament utilitzant proteïnes disponibles al Banc de Dades de Proteïnes o PDB (De l'anglès Protein Data Bank). És per això que es va crear una aplicació web muntada en un servidor HTTP Apatxe amb accés públic controlat, en la qual és possible ingressar mitjançant HTML + PHP l'arxiu VCF amb els canvis aminoacídicos per a la proteïna PDB, i determinar la desviació mitjana quadràtica (RMSD) entre la proteïna original i la proteïna mutada utilitzant PyMOL com a llenguatge basi. Els resultats és possible visualitzar-los en 3D i en imatges PNG amb acostaments a les mutacions realitzades, a més de la generació d'un arxiu d'alineament CLUSTALW. L'eina realitzada és d'ús amigable senzilla d'interpretar. Definitivament aquest pogués ser l'arrencada d'un grup d'eines que pot ser oferta als facultatius, els qui seran els usuaris principals d'aquest esforç. |
Paraules clau: | PDB VCF proteïnes |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 5-jun-2018 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
darenivarTFM0618memoria.pdf | Memoria del TFM | 2,93 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons