Aplicación web desarrollada en Shiny para el análisis de microarrays

Abstract

Con las ciencias ómicas en auge, los experimentos realizados por los científicos tienen una gran cantidad de datos que procesar cuya curva de aprendizaje, es de gran dificultad y requiere de conocimientos bioinformáticos. La finalidad del TFM, es dotar a dichos científicos de una herramienta que permita realizar un análisis de DGE en microarrays de expresión clariom S (Affymetrix) en Homo sapiens, con unos parámetros pre-establecidos y otros controlados por el usuario. Para ello, se define una pipeline en el lenguaje de programación R, para posteriormente implementarla en una aplicación web interactiva mediante el paquete de R, Shiny.

Amb les ciències òmiques en auge, els experiments realitzats pels científics tenen una gran quantitat de dades que processar la corba de les quals d'aprenentatge, és de gran dificultat i requereix de coneixements bioinformàtics. La finalitat del TFM, és dotar a dites científiques d'una eina que permeti realitzar una anàlisi de DGE en microarrays d'expressió clariom S (Affymetrix) en Homo sapiens, amb uns paràmetres pre-establerts i altres controlats per l'usuari. Per a això, es defineix una pipeline en el llenguatge de programació R, per posteriorment implementar-la en una aplicació web interactiva mitjançant el paquet de R, Shiny.

With the omic sciences on the rise, the experiments carried out by scientists have a large amount of data to process. Whose learning curve is difficult and requires knowledge in bioinformatics fields The purpose of this project is to provide these scientists with a tool to perform a DGE analysis on clariom S expression microarrays (Affymetrix) in Homo sapiens. The application is interactive and respond to the user's inputs. For this purpose, a pipeline of microarrays analysis is defined in the R programming language. Later the pipeline is implemented in an interactive web application using the R Shiny package.