Metilació d'ADN en càncer de pàncrees: el fenotip metilador d'illes CpG i el seu efecte en la supervivència

Abstract

S'han analitzat les dades clíniques i de metilació de 184 càncers de pàncrees obtingudes de The Cancer Genome Atlas (TCGA) per observar les possibles relacions entre el fenotip metilador d'illes CpG (CIMP) i la supervivència. Les mostres han estat classificades mitjançant un l'algoritme K-means i s'ha trobat que 50 tenien alts valors mitjans de metilació (CIMPH) i 56 els tenien baixos (CIMPL). S'ha analitzat les corbes de supervivència Kaplan-Meier d'aquests dos grups i s'ha vist que existeixen diferències significatives entre els dos grups, indicant que l'hipermetilació aberrant representativa de CIMPH està relacionada amb una disminució de la supervivència dels pacients de càncer de pàncrees. Un anàlisis de metilació diferencial ha permès identificar 4916 sondes amb alts nivells de metilació que corresponen a 1423 gens candidats a ser marcadors per al diagnòstic de càncer de pàncrees. Aquest treball pot ajudar a definir més clarament els subgrups CIMP dintre del càncer de pàncrees i la seva relació amb la supervivència.

We analysed clinical and methylation data from 184 pancreatic tumor samples from The Cancer Genome Atlas (TCGA) to assess the relationship between CpG island methylator phenotype (CIMP) and the survival. A classification with the k-means algorithm found 50 tumor samples with higher average levels of methylation (CIMPH) and 56 tumor samples with lower average levels of methylation (CIMPL). We analysed the survival curve for the both groups with the Kaplan-Meier estimate and found that they have different survival functions, having CIMPH worse survival. A differential methylation analysis identified 4916 CpG sites with aberrant hypermetilation, 1423 candidate genes to be markers for diagnostic of pancreatic cancer. These results can help to refine existing CIMP subtypes of pancreatic cancer and its relation with survival.

Se han analizado los datos clínicos y de metilación de 184 cánceres de páncreas obtenidos de The Cancer Genome Atlas (TCGA) para observar las posibles relaciones entre el fenotipo metilador de islas CpG (CIMP) y la supervivencia. Las muestras han sido clasificadas mediante un algoritmo K-means y se ha encontrado que 50 tenían altos valores medios de metilación (CIMPH) y 56 los tenían bajos (CIMPL). Se ha analizado las curvas de supervivencia Kaplan-Meier de estos dos grupos y se ha visto que existen diferencias significativas entre los dos grupos, indicando que la hipermetilación aberrante representativa de CIMPH está relacionada con una disminución de la supervivencia de los pacientes de cáncer de páncreas. Un análisis de metilación diferencial ha permitido identificar 4916 sondas con altos niveles de metilación que corresponden a 1.423 genes candidatos a ser marcadores para el diagnóstico de cáncer de páncreas. Este trabajo puede ayudar a definir más claramente los subgrupos CIMP dentro del cáncer de páncreas y su relación con la supervivencia.