Relación entre las alteraciones génicas asociadas a los mecanismos epigenéticos y los perfiles de metilación aberrante hallados en el ADN canceroso global

Abstract

La relevancia de las alteraciones genéticas y epigenéticas en la formación de tumores, su desarrollo y metástasis es bien conocida en la actualidad. A pesar de ello, en la mayoría de los casos no hay evidencias asociativas entre los perfiles de metilación aberrante y el estado genético de las células cancerosas. El objetivo del presente trabajo es esclarecer dicha relación mediante la búsqueda de patrones en el número de copias y en las mutaciones de genes candidatos que puedan ser predictivos de perfiles de metilación aberrante o viceversa. Para tal objeto, se seleccionarán sendas bases de datos con información acerca de las mutaciones somáticas, la variación en el número de copias génicas y los perfiles de metilación presentes en tejido normal y tejido canceroso de 4 cohortes distintas, las cuales se corresponden con 4 tipos de cáncer: pulmón, próstata, mama y colon; por sus siglas en TCGA: LUAD, PRAD, BRCA y COAD, respectivamente. El método de análisis está enmarcado en el proceso conocido como minería de datos o datamining, el cual comprende una serie de técnicas relacionadas con la estadística, la inteligencia artificial, la visualización de datos y otros muchos campos que permiten encontrar patrones en grandes bases de datos como las que se trabajarán en el presente trabajo.

La rellevància de les alteracions genètiques i epigenètiques en la formació de tumors, el seu desenvolupament i metàstasi és ben coneguda en l'actualitat. Malgrat això, en la majoria dels casos no hi ha evidències associatives entre els perfils de metilació aberrant i l'estat genètic de les cèl·lules canceroses. L'objectiu del present treball és esclarir aquesta relació mitjançant la cerca de patrons en el nombre de còpies i en les mutacions de gens candidats que puguin ser predictius de perfils de metilació aberrant o viceversa. Per a tal objecte, se seleccionaran sengles bases de dades amb informació sobre les mutacions somàtiques, la variació en el nombre de còpies gèniques i els perfils de metilació presents en teixit normal i teixit cancerós de 4 cohorts diferents, les quals es corresponen amb 4 tipus de càncer: pulmó, pròstata, mama i còlon; per les seves sigles en TCGA: LUAD, PRAD, BRCA i COAD, respectivament. El mètode d'anàlisi està emmarcat en el procés conegut com a mineria de dades o datamining, el qual comprèn una sèrie de tècniques relacionades amb l'estadística, la intel·ligència artificial, la visualització de dades i molts altres camps que permeten trobar patrons en grans bases de dades com les que es treballaran en el present treball.

The relevance of genetic and epigenetic alterations in the formation of tumors, their development and metastasis are well known at present. Nonetheless, in most cases there is no associative evidence between aberrant methylation profiles and the genetic status of cancer cells. The aim of this paper is to clarify this relationship by looking for patterns in the number of copies and mutations of candidate genes that may be predictive of aberrant methylation profiles or vice versa. For this purpose, databases will be selected with information about somatic mutations, variation in the number of gene copies and methylation profiles present in normal tissue and cancerous tissue from 4 different cohorts, which correspond to 4 types of cancer: lung, prostate, breast and colon; by its initials in TCGA: LUAD, PRAD, BRCA and COAD, respectively. The method of analysis is framed in the process known as datamining, which includes a series of techniques related to statistics, artificial intelligence, data visualization and many other fields that allow to find patterns in large databases as those that will be worked on in the present work.