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http://hdl.handle.net/10609/120166
Título : | Hi-C pipeline development for linking resistome and mobilome to the microbiome of wastewater samples |
Autoría: | Calderón Franco, David |
Tutor: | Paytuví Gallart, Andreu |
Otros: | Prados Carrasco, Ferran |
Resumen : | Las plantas de tratamiento de aguas residuales son responsables de tratar y desinfectar el agua mediante procesos físicos, químicos y biológicos. Preocupa la propagación de ADN recombinante y la proliferación de resistencias a antibióticos. Los puntos críticos, como las muestras de aguas residuales, están compuestos por comunidades microbianas complejas que son capaces de incorporar ADN extracelular o intercambiar ADN entre ellos pudiendo generar lo que se conoce como "superbacterias" o microorganismos resistentes a dos o más antibióticos. Hi-C permite el enlace conformacional en 3D entre elementos genéticos. Brinda la posibilidad de vincular qué genes de resistencia a antibióticos (ARGs) y elementos genéticos móviles (MGE) de comunidadescomplejas, como lodos activados, están en familias microbianas específicas. En esta tesis, datos HiC ya disponibles de lodos activados se han utilizado para desarrollar un pipeline. El análisis bioinformático ha consistido en desarrollar y publicar (en GitHub: https://github.com/davidcalfran/Linking-Hi-C-to-metagenome-data-pipeline) un pipeline para cuantificar las interacciones entre grupos microbianos específicos y contigs que contienen hits para ARG, plásmidos e integrones. El análisis de los resultados ha demostrado que hay familias de microorganismos específicos que tienen mayor predisposición a captar o intercambiar ARGs y MGEs, específicamente microorganismos de la familia Aeromonadaceaee, Neisseriaceae y Moraxellaceae, que corresponderían a los microorganismos seleccionados como potenciales huéspedes en el estudio de referencia. Los resultados de Hi-C obtenidos con este pipeline siguen la misma tendencia que el estudio de referencia, incluso habiendo mejoras a realizar con el fin de ampliar la visualización y resolución de la interacción gen objetivo y huésped. |
Palabras clave : | microbioma secuencia Hi-C metagenómica aguas residuales |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 24-jun-2020 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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