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http://hdl.handle.net/10609/120830
Título : | Workflow para encontrar ORFs en el extremo 5' y motivos de deslizamiento de la polimerasa en secuencias genómicas de miembros de la Familia Potyviridae |
Autoría: | Bambarén Capurro, Giannina Stephany |
Tutor: | Garrido Martín, Diego |
Otros: | Prados Carrasco, Ferran |
Resumen : | Los virus de plantas, y en concreto Potyvirus e Ipomovirus, son patógenos que causan graves pérdidas económicas en cultivos agrícolas. Conocer sus productos génicos puede servir para diseñar estrategias de control de estas patologías. Existe una necesidad en aumentar el conocimiento sobre patógenos virales de plantas, automatizando la anotación y análisis de sus genomas, en un momento en que la secuenciación de genomas es muy accesible para los investigadores. Tanto los uORFs como las zonas de deslizamiento de la polimerasa, son eventos que responden a una necesidad evolutiva de los virus sometidos a un cierto tipo de condición. Muchos de estos eventos generan estrategias para que los virus mejoren su adaptabilidad y capacidad infectiva. El conocimiento de estas zonas nos ayuda a entender conocer su biología y a prevenir sus potenciales riesgos. En este sentido, este trabajo intenta resolver algunas de estas cuestiones. Se realiza la búsqueda de uORFs en la zonas 5¿-UTR de Ipomovirus. Además, se prueban FIMO y gkm-SVM como herramientas para la búsqueda de zonas de deslizamiento de la polimerasa. Finalmente, sobre el uso de estas dos herramientas, se encuentra que gkm-SVM es un algoritmo de clasificación poderoso mucho más preciso que FIMO en la búsqueda de zonas de deslizamiento de la polimerasa, sin embargo, podemos encontrar que los costos de entrenamiento del algoritmo son mucho mayores que la búsqueda de motivos mediante FIMO. |
Palabras clave : | ORF FIMO gkm-SVM |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 24-jun-2020 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Ficheros en este ítem:
Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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gkm-svm.Rmd | 35,98 kB | RMD | Visualizar/Abrir | |
orf_finder.R | 13,07 kB | RMD | Visualizar/Abrir | |
gbambarenTFM0620memoria.pdf | Memoria del TFM | 1,11 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
gbambarenTFM0620workflow.pdf | Workflow del TFM | 1,28 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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