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http://hdl.handle.net/10609/120948
Título : | Evolution and transcriptomics in proteobacteria |
Autoría: | Armillas Montornés, Alexandre |
Tutor: | Erill, Ivan |
Otros: | Ventura, Carles |
Resumen : | En este trabajo se contempla estudiar una anomalía en el reconocimiento de motivos de unión del represor LexA en Methylomonas koyamae y ciertos géneros noveles de Gammaproteobacterias. Tradicionalmente, se ha considerado que LexA es una proteína cuyo motivo de reconocimiento es monofilético (Alphaproteobacteria reconoce un motivo, mientras que Gammaproteobacteria reconoce un motivo completamente diferente), un caso inesperado, pues LexA se trata de un factor de transcripción involucrado en la respuesta SOS, responsable de coordinar el proceso de reparación de ADN. La intención es determinar qué eventos, a nivel evolutivo, han resultado en esta situación, con el objetivo de entender mejor como una especie puede alterar completamente el motivo reconocido por un sistema crucial para la supervivencia celular, con posibles aplicaciones en la modificación o sobre como alterar los sistemas básicos de la célula para nuestro beneficio. Debido al gran volumen de datos, el análisis manual de estos datos no resulta viable, por tanto, se ha utilizado Python, en combinación con el paquete Python CGB (Comparative genomics of transcriptional regulation in Bacteria) para automatizar el proceso de generación de datos, para determinar la prevalencia de tal anomalía en Gammaproteobacterias en taxonomías sospechosas, cercanas a Methylomonas, determinar que operones se encuentran regulados para cada motivo celular, y sobreponer estos datos sobre la taxonomía de la selección de Proteobacterias para formular una hipótesis al respecto. Los resultados se componen por los resultados de CGB, una serie de taxonomías basadas en LexA y en 16S rRNA, y la interpretación de los datos. |
Palabras clave : | proteobacteria Python transcripción |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 24-jun-2020 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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