Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/133127
Títol: | Protein abundance prediction in bulk and single-cell transcriptomics |
Autoria: | Rodríguez Romera, Antonio |
Tutor: | Mallona, Izaskun |
Altres: | Calvet Liñán, Laura |
Resum: | Les tecnologies òmiques són una eina indispensable per a l'estudi de l'organització biològica dels organismes. Avenços científics en transcriptòmica han permès el desenvolupament de tècniques extraordinàriament sensibles que mesuren transcriptomes complets en cèl·lules individuals. D'altra banda, tot i que s'han realitzat diversos intents per mesurar el proteoma d'una sola cèl·lula la majoria d'ells no tenen la sensibilitat o cobertura de les tècniques transcriptòmiques. Tot i que les tècniques transcriptòmiques són àmpliament usades, diversos estudis han demostrat que ARN i proteïnes no estan prou correlacionats com per actuar un en representació de l'altre. En aquest treball hem explorat l'ús de les ràtios proteïna / RNA per millorar la correlació entre aquestes mesures. Usant un atles proteo-genòmic hem expandit el treball d'altres autors i demostrat que aquesta ràtio es pot usar per a imputar nivells de proteïna a partir de l'transcriptoma en diversos teixits humans. A més, aquesta correcció és independent de la composició de el teixit i és aplicable a proteïnes de superfície. Utilitzant atles de CITE-seq hem explorat per primera vegada aquesta estratègia en conjunts de dades single-cell. Els nostres resultats mostren que les ràtios RNA / proteïna prediuen millor els nivells de proteïna en dades single-cell quan s'han estimat a partir de dades CITE-seq en comparació amb ràtios estimats amb dades bulk. A més, va ser possible predir nivells de proteïna usant ràtios calculats a partir d'un experiment diferent, el que suggereix que aquesta estratègia es pot generalitzar a altres conjunts de dades single-cell. |
Paraules clau: | cèl·lules individuals transcriptòmica proteòmica |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | jun-2021 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
arodriguezromeraTFM0621memory.pdf | Memory of TFM | 3,42 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons