Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/138646
Títol: | Uso de paquetes de R/Bioconductor para análisis funcional de datos ChIP-Seq |
Autoria: | Gallego Crespo, Aarón |
Tutor: | Brunel, Helena |
Altres: | Perez-Navarro, Antoni |
Resum: | Xip-Seq és un mètode de seqüenciació massiva per a identificar llocs d'unió proteïnes-ADN. La seva aplicació per a l'estudi del perfil d'unió d'histones i factors de transcripció en el genoma humà permet conèixer la rellevància d'aquestes proteïnes en processos com la diferenciació cel·lular i la patogènia de malalties. El projecte Bioconductor ofereix paquets de programari en R per a l'anàlisi de dades Xip-Seq, suposant una alternativa de fàcil accés, sota cost computacional i altament versàtil enfront d'altres eines. En aquest treball es va proposar com a objectius: 1) La cerca i selecció de paquets de R/Bioconductor; 2) La cerca i selecció de conjunts de dades ideals per a aplicar els paquets; 3) El disseny d'un pipeline d'anàlisi de dades Xip-Seq. Aquest pipeline es va dissenyar per a realitzar l'anotació funcional i identificació de motius d'ADN a partir de dades procedents de tres escenaris experimentals típics: 1) Xip-Seq en diferents repliques biològiques; 2) Xip-Seq en dues condicions diferents; 3) Xip-Seq en diferents línies cel·lulars. El pipeline resultant combina els paquets ChIPSeeker i ChIPpeakAnno; rGREAT per a l'anàlisi de motius, entre altres paquets. Els resultats indiquen que: 1) ChIPpeakAnno és més flexible i específic per a anotació funcional dels pics; 2) ChIPseeker ofereix major varietat d'opcions per a visualitzar dades; 3) Tots dos paquets es complementen bé en les seves fortaleses i febleses, sent més útils junts que separats; 4) rGREAT compleix els requeriments bàsics per a l'anàlisi de motius, però té un catàleg de funcions limitat. |
Paraules clau: | pipeline factor de transcripció histona |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | des-2021 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
aarongallegoTFM1221memoria.pdf | Memoria del TFM | 2,14 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons