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http://hdl.handle.net/10609/138687
Título : | Classification between odorant and gustatory receptors: Supervised learning applied to arthropod proteins |
Autoría: | Enríquez Romero, Félix Francisco |
Tutor: | Orengo, Dorcas |
Otros: | Calvet Liñán, Laura |
Resumen : | La caracterización funcional de proteínas es difícil de conseguir mediante sistemas automáticos basados en alineamientos de secuencias. Estos sistemas no han encontrado evidencia de que receptores olfativos estén presentes en artrópodos no insectos. En este proyecto se desarrolla un sistema basado en aprendizaje supervisado que primeramente sea capaz de clasificar la funcionalidad de proteínas provenientes de insectos en receptores de tipo olfativo y receptores de tipo gustativo y que posteriormente pueda identificar en secuencias de otros artrópodos (anotadas como receptores gustativos por sistemas de alineamiento de secuencias) secuencias que hayan sufrido una divergencia funcional similar a la ocurrida en los insectos alados hace unos 440 millones de años. Las secuencias que conforman el dataset se obtuvieron de UniProtKB, tres métodos distintos fueron usados para codificar las secuencias y poder entrenar tres redes neuronales artificiales. Los resultados obtenidos confirman la eficacia del modelo desarrollado con un AUC, precisión y F1 de 0.911, 0.971 y 0.926, respectivamente. Se obtuvo un listado de secuencias candidatas a tener una funcionalidad parecida a receptores olfativos en artrópodos no insectos. El análisis posterior de la funcionalidad de estas secuencias podría corroborar las predicciones del modelo. El hallazgo de la presencia de proteínas con funcionalidad parecida a los receptores olfativos sería indicativo de una posible convergencia evolutiva. |
Palabras clave : | receptor de olores receptor gustativo aprendizaje supervisado |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 1-ene-2022 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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