Desarrollo de una herramienta web para la clasificación de variantes genéticas

Abstract

Con la aparición de las técnicas de Next-Generation Sequencing (NGS) se están obteniendo enormes cantidades de datos genómicos, lo que ha permitido un gran avance en el diagnóstico genético clínico. Sin embargo, la gran cantidad de variaciones genéticas que se detectan, dificulta la labor de los analistas. Para la clasificación clínica de las variantes, la ACMG ha consensuado unas guías de clasificación, teniendo en cuenta diferentes criterios (frecuencia poblacional de la variante, tipo de mutación, etc.). La aplicación de dicha clasificación de manera manual suele ser una actividad engorrosa y consumidora de tiempo. En el presente Trabajo se ha desarrollado, en una primera fase, un script en lenguaje R que realiza una clasificación semi-automática de variantes genéticas utilizando las nuevas recomendaciones y revisiones de las guías de la ACMG. En una segunda fase se ha adaptado dicho script a un entorno de Shiny que permite al usuario introducir criterios manualmente, así como modificar los criterios calculados. Finalmente se obtiene una tabla con la clasificación obtenida y datos relacionados con la variante. Para el desarrollo de la herramienta se ha utilizado principalmente los paquetes myvariant y Shiny, así como datos de OMIM, GWAS y ClinVar. Como resultado del trabajo se ha desarrollado una herramienta web intuitiva y de un uso simple, que permite facilitar el trabajo a clínicos e investigadores que requieran obtener clasificaciones de variantes genéticas.

Amb l'aparició de les tècniques de Next-Generation Sequencing (NGS) s'estan obtenint enormes quantitats de dades genòmiques, la qual cosa ha permès un gran avanç en el diagnòstic genètic clínic. No obstant això, la gran quantitat de variacions genètiques que es detecten, dificulta la labor dels analistes. Per a la classificació clínica de les variants, la ACMG ha consensuat unes guies de classificació, tenint en compte diferents criteris (freqüència poblacional de la variant, tipus de mutació, etc.). L'aplicació d'aquesta classificació de manera manual sol ser una activitat enutjosa i consumidora de temps. En el present Treball s'ha desenvolupat, en una primera fase, un script en llenguatge R que realitza una classificació semi-automàtica de variants genètiques utilitzant les noves recomanacions i revisions de les guies de la ACMG. En una segona fase s'ha adaptat dit script a un entorn de Shiny que permet a l'usuari introduir criteris manualment, així com modificar els criteris calculats. Finalment s'obté una taula amb la classificació obtinguda i dades relacionades amb la variant. Per al desenvolupament de l'eina s'ha utilitzat principalment els paquets myvariant i Shiny, així com dades de OMIM, GWAS i ClinVar. Com a resultat del treball s'ha desenvolupat una eina web intuïtiva i d'un ús simple, que permet facilitar el treball a clínics i investigadors que requereixin obtenir classificacions de variants genètiques.

With the advent of Next-Generation Sequencing (NGS) techniques, enormous amounts of genomic data are being obtained, which has allowed a great advance in clinical genetic diagnosis. However, the large number of genetic variations that are detected makes the work of analysts difficult. For the clinical classification of variants, the ACMG has agreed on classification guidelines, taking into account different criteria (population frequency of the variant, type of mutation, etc.). The manual application of such classification is usually a cumbersome and time-consuming activity. In the present work we have developed, in a first phase, a script in R language that performs a semi-automatic classification of genetic variants using the new recommendations and revisions of the ACMG guidelines. In a second phase, this script has been adapted to a Shiny environment that allows the user to enter criteria manually, as well as to modify the calculated criteria. Finally, a table is obtained with the classification obtained and data related to the variant. For the development of the tool we have mainly used the myvariant and Shiny packages, as well as data from OMIM, GWAS and ClinVar. As a result of the work, an intuitive and easy-to-use web tool has been developed, which facilitates the work of clinicians and researchers who need to obtain classifications of genetic variants.