Implementation of a workflow for processing and analyzing ChIP-seq data

Abstract

Advances in the sequencing techniques are greater every year, as well as the need of analyzing the data generated so all the possible information that it contains can be extracted. Nowadays, ChIP-seq experiments are far more common than in the past years, but the tools for analyzing the generated data are still very diverse. The main objective of this project is to implement and apply a workflow for the processing and analysis of raw ChIP-seq data. In order to do so, firstly a review of the steps that are conducted for the processing of ChIP-seq data is performed. Once the steps that the workflow will need to incorporate have been identified, a review about the different currently used tools used in this analysis is performed and the most suitable tools are chosen and implemented in the workflow. The final product of this project is a workflow that is able to process and analyze ChIP-seq data, and, additionally, the different analysis that can be undertaken with the processed data files, showing that the correct analysis of this data can answer many key biological questions.

Los avances en el campo de la secuenciación son cada vez mayores, al igual que la necesidad de analizar los datos generados de forma que se puedan extraer todos los resultados posibles. En la actualidad, la técnica de ChIP-seq es cada vez más común, pero las herramientas para analizar los datos generados son muy diversas, así como pueden llegar a ser los resultados obtenidos con cada una de ellas. El objetivo principal de este proyecto es implementar y aplicar un workflow para el procesamiento y el análisis de datos crudos de ChIP-seq. Para ello, primero se hace una revisión de los diferentes pasos que se llevan a cabo para el procesamiento de datos de ChIP-seq. Una vez identificados los pasos que deberán implementarse en el workflow, se hace una revisión de las diferentes herramientas actuales que se usan en este campo y se escogen las más adecuadas para su implementación. El producto final de este proyecto es un workflow que pueda procesar y analizar los datos de ChIP-seq, así como los diferentes análisis que pueden llevarse a cabo una vez procesados los datos, demostrando que el análisis adecuado de estos datos puede dar respuesta a muchas preguntas biológicas aún sin responder.

Els avanços en el camp de la seqüenciació són cada vegada majors, igual que la necessitat d'analitzar les dades generades de manera que es puguin extreure tots els resultats possibles. En l'actualitat, la tècnica de Xip-seq és cada vegada més comú, però les eines per a analitzar les dades generades són molt diverses, així com poden arribar a ser els resultats obtinguts amb cadascuna d'elles. L'objectiu principal d'aquest projecte és implementar i aplicar un workflow per al processament i l'anàlisi de dades crues de Xip-seq. Per a això, primer es fa una revisió dels diferents passos que es duen a terme per al processament de dades de Xip-seq. Una vegada identificats els passos que hauran d'implementar-se en el workflow, es fa una revisió de les diferents eines actuals que s'usen en aquest camp i es trien les més adequades per a la seva implementació. El producte final d'aquest projecte és un workflow que pugui processar i analitzar les dades de Xip-seq, així com les diferents anàlisis que poden dur-se a terme una vegada processats les dades, demostrant que l'anàlisi adequada d'aquestes dades pot donar resposta a moltes preguntes biològiques encara sense respondre.