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http://hdl.handle.net/10609/146779
Título : | Proporciones celulares de las lesiones precursoras del cáncer gástrico definidas por deconvolución de transcriptómica en tejido y transcriptómica single-cell |
Autoría: | Lario García, Sergio |
Tutor: | Mallona, Izaskun |
Otros: | Calvet Liñán, Laura |
Resumen : | Las lesiones precursoras del cáncer gástrico (LPCG) preceden al desarrollo de los adenocarcinomas. En el estómago, las LPCG se caracterizan por la aparición de metaplasia intestinal, en la que hay una sustitución de tipos celulares. El estudio del transcriptoma en biopsias gástricas presenta el inconveniente de su interpretación. Un gen desregulado podría estarlo porque está desregulado en algún tipo celular concreto, o porque se ha alterado el número de células que lo expresan. Aquí, usando la deconvolución, determinamos las proporciones celulares de un estudio transcriptómico de pacientes con LPGC. Las proporciones celulares, además de ser un factor de confusión, podrían tener relevancia en cuanto a la evolución de las LPGC. A partir de experimentos de single-cell RNAseq usamos Seurat para extraer la matriz de identidades celulares. Esta matriz se extrajo después de reanalizar los experimentos de singlecell y fue la entrada para algoritmo de deconvolución (CIBERSORTx). Hemos comprobado que en las LPCG existe un aumento de células metaplásicas intestinales, concretamente enterocitos y células caliciformes. Además, hemos visto que los enterocitos se pueden asociar a cuatro clusters con marcadores diferentes. Por último, el aumento de células intestinales se acompaña de la desaparición de células D, secretoras de somatostatina. Concluimos que es viable la determinación de proporciones celulares a partir de datos-ómicos. |
Palabras clave : | deconvolución lesiones precursoras del cáncer gástrico metaplasia intestina |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 2-jun-2022 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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