MetaboAnalyst: Collaboration in an Open-Source tool

Abstract

La metabolòmica es centra en l'estudi qualitatiu i quantitatiu de tots els metabòlits presents en una mostra biològica. La complexitat de les dades planteja reptes únics que requereixen programes especialitzats i coneixement en quimioinformàtica, bioinformàtica i estadística per a un processament i anàlisi efectius. MetaboAnalyst, una plataforma de codi obert àmpliament utilitzada, es va desenvolupar per simplificar l'anàlisi de dades en aquest camp i millorar-ne l'accessibilitat. Ofereix una àmplia selecció de funcionalitats, com ara el preprocessament, la normalització i anàlisis estadístics i i funcionals. Aquest projecte tenia com a objectiu avaluar si era possible executar MetaboAnalyst localment i introduir noves funcionalitats per millorar la reproductibilitat dels anàlisis. Per facilitar-ne l’ús local i el fàcil intercanvi, es va crear una imatge Docker. Es va afegir un nou mòdul que permet als usuaris carregar scripts R generats per l'aplicació juntament amb les dades per reproduir 2 els anàlisis en els mateixos o diferents conjunts de dades. També es va integrar un mètode de validació creuada basat en Monte Carlo. Tot i la naturalesa del codi obert de MetaboAnalyst, el projecte es va trobar amb obstacles significatius, com ara l’absència de versions estables, instruccions d’instal·lació incompletes i recursos obsolets. Aquests reptes van confirmar la necessitat de millorar la gestió de versions, els recursos de desplegament i la documentació. Malgrat això, va ser possible executar MetaboAnalyst localment i afegir-hi funcionalitats, cosa que ofereix avantatges considerables, com ara una major seguretat de les dades i flexibilitat per a grups de recerca i empreses.