Càlcul de la mida mostral a estudis metagenòmics

Abstract

L'estudi de dades metagenòmiques suposa un repte a l'hora de definir quin ha de ser el tamany òptim de les mostres per tal de poder observar la riquesa específica present. La metodologia aplicada en estudis d'ecologia es basen en diferents mètodes, dels quals destaca l'aplicació de models de rarefacció, per tal d'estimar la riquesa específica present en una comunitat o hàbitat. Prenent com a base el model clàssic de rarefacció, es planteja definir un model basat en mètodes bayesians per fer l'estimació de la riquesa específica en mostres metagenòmiques, sovint sense espècies conegudes però integrades per unitats taxonòmiques funcionals (OTUs).

El estudio de datos metagenómicos supone un reto a la hora de definir qué tiene que ser el tamaño óptimo de las muestras para poder observar la riqueza específica presente. La metodología aplicada en estudios de ecología se basan en diferentes métodos, de los cuales destaca la aplicación de modelos de rarefacció, para estimar la riqueza específica presente en una comunidad o hábitat. Tomando como base el modelo clásico de rarefacció, se plantea definir un modelo basado en métodos bayesianos para hacer la estimación de la riqueza específica en muestras metagenómicas, a menudo sin especies conocidas pero integradas por unidades taxonómicas funcionales (OTUs).

Analysing metagenomic data represents a challenge in terms of selecting the optimal sampling size in order to achieve species richness within microbioms. Methodology suitable for ecological studies is based on several protocols. Among them, rarefaction has become more popular for estimating species richness in communities or environments. Using classical rarefaction methods, the aim is to define a model based on bayesian methods to estimate species richness from metagenomic samples. Those data lacks taxonomical identification, but they use to be compiled within operative taxonomical units (OTUs).