Solució d'alt rendiment per a química computacional

Abstract

El propòsit d'aquesta document és explicar el procediment seguit en l'acceleració de PharmScreen, un software científic desenvolupat per l'empresa Pharmacelera. PharmScreen és un eina de virtual screening dedicada al descobriment de nous compostos per a la realització de nous medicaments. Gràcies al seu algoritme d'alta precisió, basat en camps d'interacció, el software pot trobar possibles compostos actius dotats d'una alta diversitat química. En el treball s'expliquen les tècniques, tecnologies (Cuda, OpenMP, SEE/AVX) i eines utilitzades en el procés d'acceleració i es presenta un amplia gama dels resultats que s'obtenen quan s'executen les solucions en diferents plataformes.

The purpose of this report is to explain the PharmScreeen acceleration procedure, a scientific software developed by the company Pharmacelera. PharmScreen is a virtual screening tool involved in early stage drug discovery. Thanks to its highly accurate algorithm, based on interaction fields, the software can find potential active compounds endowed with high chemical diversity. The document explains techniques, technologies (Cuda, OpenMP, SEE/AVX) and tools used in the acceleration process and presents a broad range of results obtained when running the solutions on different platforms.

El propósito de esta documento es explicar el procedimiento seguido en la aceleración de PharmScreen, un software científico desarrollado por la empresa Pharmacelera. PharmScreen es un herramienta de virtual screening dedicada al descubrimiento de nuevos compuestos para la realización de nuevos medicamentos. Gracias a su algoritmo de alta precisión, basado en campos de interacción, el software puede encontrar posibles compuestos activos dotados de una alta diversidad química. En el trabajo se explican las técnicas, tecnologías (Cuda, OpenMP, SEE/AVX) y herramientas utilizadas en el proceso de aceleración y se presenta uno amplía gama de los resultados que se obtienen cuando se ejecutan las soluciones en diferentes plataformas.