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http://hdl.handle.net/10609/81448
Título : | Implementación de un algoritmo basado en la naturaleza para la predicción de la estructura péptido-proteína conociendo el sitio de unión |
Autoría: | Delgado Rodríguez, Enrique |
Tutor: | Jiménez-García, Brian ![]() |
Otros: | Universitat Oberta de Catalunya |
Resumen : | Seidh es una librería que implementa un método ab initio, no-ciego, "finegrained"para la predicción de la estructura de un péptido unido a una proteína, partiendo de la estructura de la proteína y del punto de unión. Contextualizado dentro de la biología estructural computacional, esta librería constituye un aporte a uno de los retos actuales de la bioinformática: la predicción de estructuras de biomoléculas. Seidh implementa un algoritmo basado en la naturaleza: el vuelo del ave cuco, un ave cuyos movimientos vienen determinados por la distribución de frecuencias de Lévy. Al tratarse de la implementación de un método ab initio, se emplea una función de evaluación basada en las interacciones que rigen la física molecular, considerando radios atómicos, fuerzas de van der Waals, distancias, potenciales electrostáticos, etc. Posee funciones para detectar y prevenir colisiones, una mejora del rendimiento basada en computación paralela y un sistema de refinado de resultados basado en clustering de conformaciones similares, entre otras características. La librería, exportable como pone de manifiesto su implementación en un servidor web Flask, responde al contexto de partida con la posibilidad de variar su configuración y amoldarla a distintas situaciones de uso, demostrando así ser una solución interesante para la tarea propuesta. |
Palabras clave : | algoritmos basado en la naturaleza proteínas péptidos reconstrucción |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | jun-2018 |
Licencia de publicación: | http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Ficheros en este ítem:
Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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