Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: http://hdl.handle.net/10609/83085
Título : Análisis transcriptómico asociado a la producción de betacaroteno en Yuca
Autoría: Ovalle Rivera, Tatiana Melissa
Tutor: Pantano Rubiño, Lorena
Otros: Marco-Galindo, Maria-Jesús  
Resumen : La desnutrición afecta a millones de personas, principalmente debido a que los cultivos críticos para la seguridad alimentaria contienen bajos niveles de micronutrientes. La yuca (Manihot esculenta Crantz) es el alimento básico de más de 500 millones de personas y los programas de mejoramiento se han enfocado en aumentar los niveles de b-caroteno en las raíces. Con el fin de apoyar los procesos de mejoramiento, el objetivo de este trabajo consistió en identificar la expresión y comprender que proporción del genoma se activa en la producción elevada de este compuesto. Para ello, seis genotipos de una familia de segregación, y los dos progenitores se escogieron para llevar a cabo la secuenciación del RNA. La plataforma bioinformática para este estudio incluyó: Mapeo con HISAT2, ensamblaje del transcriptoma con StringTie, cuantificación de la expresión con Kallisto, expresión diferencial con DESeq2 y DEGreport para mostrar los resultados. Finalmente, la anotación, función y regulación se obtuvo a partir del portal PlantRegMap. Los resultados obtenidos mostraron que las regiones del genoma que se sobre-expresan durante la acumulación de b-caroteno están relacionadas con la respuesta a estrés por calor, por temperatura e intensidad lumínica y en caso de no acumularse b-caroteno se presentan una diversidad de rutas de síntesis activas en la que se destaca la síntesis de esteroles. Adicionalmente 3 genes reguladores fueron identificados en el transcriptoma de raíz y 42 genes para el transcriptoma de hoja. El uso de la información generada en este estudio presenta múltiples implicaciones para el programa de mejoramiento y mejora la comprensión de la acumulación del b-caroteno en la raíces de yuca.
Palabras clave : RNA-seq
bioinformática
betacaroteno
Tipo de documento: info:eu-repo/semantics/masterThesis
Fecha de publicación : 13-jun-2018
Licencia de publicación: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/  
Aparece en las colecciones: Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc.

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