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http://hdl.handle.net/10609/88786
Título : | Characterization of the agent causing a new disease in leek (Allium ampeloprasum var-borrum) fields by RNA-Seq |
Autoría: | Ruiz Padilla, Ana |
Tutor: | Ylla Bou, Guillem |
Otros: | Merino, David |
Resumen : | En 2011, se describió una nueva enfermedad, llamada en este informe enfermedad emergente en puerro (EEP), en campos de puerro de Segovia. La enfermedad estaba caracterizada por anormalidades en el desarrollo, como geotropismo y deformación de las raíces; y decoloración de bulbos y hojas. Se desconoce la etiología de la enfermedad, pero los síntomas podrían estar asociados a la infección por diferentes patógenos que se distribuyen de forma sistémica en las plantas como virus y fitoplasmas. Con el objetivo de identificar los patógenos causantes de la EEP, se tomaron muestras de hojas y se extrajo el ARN total de estas. A su vez, se realizó el mismo proceso con plantas sanas. A partir de estos extractos, se realizaron 4 mezclas con RNA de plantas enfermas (Sick1, Sick2, Sick3 and Sick4) y una mezcla con RNA de plantas sanas (Control2) que fueron enviadas a secuenciar. Los datos resultantes de la secuenciación fueron analizados con el objetivo de identificar los microorganismos patógenos causantes de la enfermedad. Este análisis bioinformático incluía distintos pasos. Los más relevantes fueron el control de calidad de las secuencias originales, la eliminación de adaptadores y la selección de lecturas presentes exclusivamente en las mezclas de plantas enfermas. Se seleccionaron aleatoriamente el 10% de las lecturas de cada pool para evitar problemas de falta de recursos computacionales. Finalmente, las secuencias de interés fueron analizadas para identificar los posibles patógenos presentes. Los resultados mostraron la presencia de fitoplasmas y otros microorganismos como posibles causantes de la enfermedad. |
Palabras clave : | puerro RNA-Seq virus |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 2-ene-2019 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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