Estudio personalizado de datos omicos en paragangliomas y feocromocitomas

Abstract

Los feocromocitomas y los paragangliomas son tumores neuroendocrinos que se consideran fuertemente influenciados por la genética, ya que aproximadamente el 40% de los pacientes sufre alguna mutación en la línea germinal. Además de las mutaciones en la línea germinal, se han encontrado mutaciones somáticas, patrones de expresión génica y de metilación que han permitido su clasificación en dos grandes grupos. Aun así, estos estudios se han llevado a cabo en cohortes y era necesaria una aproximación más personalizada para cada tipo de paciente. Para este estudio se han utilizado datos del proyecto "The Cancer Genome Atlas" con 179 casos entre feocromocitomas y paragagliomas. Se han analizado datos de alteraciones en el número de copia, de expresión génica, de mutaciones y de metilación. Se han utilizado aplicaciones web como CNApp para el análisis de datos de CNAs y el resto de análisis se han realizado principalmente en R con la librería TCGAbiolinks. Resultados, integrando los distintos tipos de datos se han obtenido resultados interesantes en cada grupo tumoral, algunos datos aparecen comunes en todos los grupos, como alteraciones en funciones de adhesión celular o diferenciación celular, pero algunos grupos aparecen alteraciones en funciones que pueden estar más relacionadas con la agresividad de dicho tumor en concreto, como procesos de angiogénesis y señalización celular. En este trabajo se ha visto que, aunque estos tumores pueden ser muy parecidos en algunos aspectos, en otros difieren y esos datos son importantes tanto para la prognosis como para posibles tratamientos.

Pheochromocytomas and paragangliomas are neuroendocrine tumors that are considered strongly influenced by genetics, since approximately 40% of patients suffer some mutation in the germ line. In addition to mutations in the germ line, somatic mutations, gene expression and methylation patterns have been found, which have allowed their classification into two large groups. Even so, these studies have been carried out in cohorts and a more personalized approach was needed for each type of patient. The data analyzed in this study were from "The Cancer Genome Atlas" project. There were data from 179 cases between pheochromocytomas and paragangliomas. We analyzed data of copy number alterations, gene expression, mutations and methylation. Web applications such as CNApp have been used for the analysis of CNA data and the rest of the data were analyzed with R and the TCGAbiolinks package. With the integration of the different types of data, results have been obtained in each tumor group, some data appear common in all groups, such as functions of alterations in cell adhesion or cell differentiation, but some groups appear alterations in functions that may be more related with the aggressiveness of one tumor in particular, as angiogenesis processes and cell signaling. In this work we have seen that, although these tumors can be very similar in some ways, in others they differ, and these data are important both for the prognosis and for future treatments.

Els feocromocitomes i els paragangliomas són tumors neuroendocrinos que es consideren fortament influenciats per la genètica, ja que aproximadament el 40% dels pacients sofreix alguna mutació en la línia germinal. A més de les mutacions en la línia germinal, s'han trobat mutacions somàtiques, patrons d'expressió gènica i de metilació que han permès la seva classificació en dos grans grups. Així i tot, aquests estudis s'han dut a terme en cohorts i era necessària una aproximació més personalitzada per a cada tipus de pacient. Per a aquest estudi s'han utilitzat dades del projecte "The Cancer Genome Atles" amb 179 casos entre feocromocitomes i paragagliomas. S'han analitzat dades d'alteracions en el número de còpia, d'expressió gènica, de mutacions i de metilació. S'han utilitzat aplicacions web com CNApp per a l'anàlisi de dades de CNAs i la resta d'anàlisi s'han realitzat principalment en R amb la llibreria TCGAbiolinks. Resultats, integrant els diferents tipus de dades s'han obtingut resultats interessants en cada grup tumoral, algunes dades apareixen comunes en tots els grups, com a alteracions en funcions d'adhesió cel·lular o diferenciació cel·lular, però alguns grups apareixen alteracions en funcions que poden estar més relacionades amb l'agressivitat d'aquest tumor en concret, com a processos de angiogénesis i senyalització cel·lular. En aquest treball s'ha vist que, encara que aquests tumors poden ser molt semblants en alguns aspectes, en uns altres difereixen i aquestes dades són importants tant per a la prognosi com per a possibles tractaments.