Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/95646
Títol: | Desarrollo de una aplicación web en R/Shiny para la visualización interactiva del análisis diferencial de metilación genómica en muestras tumorales procesadas mediante la tecnología microarray |
Autoria: | Garcia Valero, Mar |
Tutor: | Mallona, Izaskun |
Altres: | Prados Carrasco, Ferran |
Resum: | La metilació de l'ADN és l'alteració epigenètica més comú en la natura. Estudis anteriors proposen l'existència d'una associació entre els canvis d'expressió cel·lular en ambient tumoral i un patró de desmetilació de CpGs incloses en el cos i en els elements reguladors dels gens involucrats en l'estabilitat cel·lular. L'avanç en tècniques de laboratori pel processament de dades biològiques rellevants ha portat al desenvolupament d'anàlisis bioinformàtics òptims que permeten estudiar tota la informació en l'obtenció de dades d'aquestes marques epigenètiques. Les tècniques de microarray cobren força i utilitat en els estudis de metilació diferencial de l'ADN i requereixen d'una anàlisi in situ potent i rigorós. En aquest estudi disposem de dues cohorts independents de mostres tumorals i controls disponibles a GEO analitzades utilitzant la última versió actualitzada de xip d'hibridació de 850k sondes, EPIC. Es proposa desenvolupar una aplicació web interactiva amb llenguatge R / Shiny que permeti llançar la visualització automàtica del tractat de mostres i l'anàlisi diferencial de metilació d'ADN entre les dues condicions biològiques, per tal d'obtenir les DMR i dmp que ajudin a definir un perfil del metiloma tumoral. La programació en algoritmes de la llibreria de metilació R / Bioconductor / minfi i la seva adaptació al codi de disseny del servei web podrà oferir un producte que potenciï l'ús de les tècniques de metilació en estudis de càncer per part dels usuaris del laboratori no familiaritzats amb les eines bioinformàtiques. |
Paraules clau: | metilació de l'ADN aplicacions web Shiny plataforma de gestió de dades |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 5-jun-2019 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
mgarciavalerTFM0619memoria.pdf | Memoria del TFM | 1,13 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons