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http://hdl.handle.net/10609/95646
Título : | Desarrollo de una aplicación web en R/Shiny para la visualización interactiva del análisis diferencial de metilación genómica en muestras tumorales procesadas mediante la tecnología microarray |
Autoría: | Garcia Valero, Mar |
Tutor: | Mallona, Izaskun |
Otros: | Prados Carrasco, Ferran |
Resumen : | La metilación del ADN es la alteración epigenética más común en la naturaleza. Estudios anteriores proponen la existencia de una asociación entre los cambios de expresión celular en ambiente tumoral y un patrón de desmetilación de CpGs incluidas en el cuerpo y en los elementos reguladores de los genes involucrados en la estabilidad celular. El avance en técnicas de laboratorio para el procesamiento de datos biológicos relevantes ha llevado al desarrollo de análisis bioinformáticos óptimos que permitan estudiar toda la información de la obtención de datos de estas marcas epigenéticas. Las técnicas de microarray cobran fuerza y utilidad en los estudios de metilación diferencial del ADN y requieren de un análisis in situ potente y riguroso. En este estudio disponemos de dos cohortes independientes de muestras tumorales y controles disponibles en GEO analizadas usando la última versión actualizada de chip de hibridación de 850k sondas, EPIC. Se propone desarrollar una aplicación web interactiva con lenguaje R/Shiny que permita lanzar la visualización automática del tratado de muestras y el análisis diferencial de metilación de ADN entre ambas condiciones biológicas, con el fin de obtener las DMR y dmp que ayuden a definir un perfil del metiloma tumoral. La programación en algoritmos de la librería de metilación R/Bioconductor/minfi y su adaptación al código de diseño del servicio web podrá ofrecer un producto que potencie el uso de las técnicas de metilación en estudios de cáncer por parte de los usuarios del laboratorio no familiarizados con las herramientas bioinformáticas. |
Palabras clave : | metilación del ADN aplicaciones web Shiny plataforma de gestión de datos |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 5-jun-2019 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Ficheros en este ítem:
Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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