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http://hdl.handle.net/10609/99306
Título : | Estudio de la estructura poblacional de los géneros Escherichia y Shigella |
Autoría: | Chacón Vargas, Lucía |
Tutor: | Villanueva-Cañas, José Luis |
Otros: | Ventura, Carles |
Resumen : | Escherichia y Shigella se han diferenciado como dos géneros distintos. Sin embargo, con los avances en microbiología se ha visto que están fuertemente relacionadas. En este trabajo se ha realizado un estudio de las relaciones filogenéticas y pangenómicas de 14.078 secuencias de Escherichia y 1.781 de Shigella. Se utilizaron secuencias genómicas y de aminoácidos de ambos géneros de la base de datos RefSeq. Se eliminaron las secuencias genómicas redundantes y se generó la matriz de distancias con MASH. Las cepas de Shigella y de Escherichia se clasificaron por filogrupos según el algoritmo del laboratorio de Clermont. Se crearon clústeres por género y por grupo filogenético con UMAP (en R) y con el software Gephi. Con Mmseqs2 se buscaron clústeres de las secuencias de aminoácidos. Se realizó el cálculo del pangenoma, coregenoma y genoma accesorio y se obtuvieron las gráficas correspondientes en R. Se observaron agrupaciones en UMAP muy relacionados entre sí, lo que indica la proximidad genómica de ambos géneros. Las cepas de Shigella clasificadas como filogrupo B1 (más del 90 % del total) se sitúan en agrupaciones muy cercanas al filogrupo B1 de Escherichia. El pangenoma de ambos géneros juntos y de cada uno por separado sigue una distribución abierta. El tamaño del coregenoma va disminuyendo según aumenta el número de genomas. Bajando el umbral a 85% o 95% de genes compartidos, el tamaño del coregenoma se mantiene prácticamente constante. |
Palabras clave : | genómica comparativa microbiología filogenia Escherichia Shigella |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 5-jun-2019 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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