Análisis genómico y filogenético de cepas de Neisseria meningitidis y Escherichia coli productores de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) aisladas de muestras de cribados de ITS

Abstract

Introduction: The sexual transmission is one of the acquisition routes of extended spectrum ¿-lactamase (ESBL) producing enterobacteria or meningococci in our area. The aim of this study is to determine the existence of particular linages transmitted by sexual contact of N. meningiditis and ESBL-producing E. coli. To do so, isolates of this species from sexual transmitted infections screening were whole genome sequenced to identify their serogroup, resistome, plasmidome, genomic epidemiology and phylogeny. Results: Among the capsulated meningococci the most frequent was the B serogroup, yet most of the obtained isolated presented mutations on the capsule cassette or the capsule null locus. There was not a predominating linage due to a high genetic diversity between the isolates. Regarding the E. coli isolates, the B2 phylo-group was the most detected. The sequence-types most frequently obtained were the ST14 and ST131. Concerning the ESBL analyzed, CTX-M-15 was the most frequent, although CTX-M-27 and SHV-12 presented a high prevalence. Conclusions: The expansion of specific meningococci linages by sexual route has been discarded in our area. Nevertheless, it is worth to point the detection of high-risk and hypervirulent clones, the CC11, CC213 and CC32. The E. coli isolates were mainly from the B2 phylo-group, the most related with extra-intestinal infection. The genetic distance detected in the most frequent sequence-types (ST14 and ST131) may be due to a recent transmission, which would confirm the sexual transmission of this organism.

Introducción: Entre los factores asociados a la adquisición de enterobacterias productoras de betalactamasa de espectro extendido (BLEE) y meningococo en países de nuestro entorno se encuentran la práctica de determinadas conductas sexuales. Para determinar si existen linajes propios transmitidos por vía sexual, se estudiaron mediante WGS aislados de N. meningitidis y E. coli provenientes de muestras de ITS, para identificar el serogrupo, el resistoma, el contenido plasmídico, la epidemiología genómica y la filogenia. Resultados: La mayor parte de los aislados de meningococo obtenidos presentaban mutaciones en el cassette capsular o el locus nulo. Entre los aislados capsulados el serogrupo predominante fue el B. La diversidad genética fue elevada entre los aislados, sin el predominio de ningún linaje. Por lo que respecta a los E. coli productores de BLEE, el filogrupo B2 fue el mayoritario. Los secuenciotipos más frecuentes fueron el ST14 y el ST131. Por lo que respecta a la BLEE más detectada fue el CTX-M-15, aunque cabe destacar la alta frecuencia de CTX-M-27 y SHV-12. Conclusiones: Se ha descartado la diseminación de linajes específicos de meningococo por vía sexual en nuestro medio, aunque cabe destacar la detección de linajes hipervirulentos considerados de alto riesgo epidemiológico, como son el CC11, el CC213 y el CC32. Los aislados de E. coli pertenecían mayoritariamente al filogrupo B2, responsable principalmente de infecciones extraintestinales. La distancia genética entre los aislados de los ST mayoritarios (ST14 y ST131) podría deberse a una reciente transmisión, por lo que posiblemente haya transmisión sexual de este microorganismo.

Introducció: Entre els factors associats a l'adquisició de enterobacterias productores de betalactamasa d'espectre estès (BLEE) i meningococ en països del nostre entorn es troben la pràctica de determinades conductes sexuals. Per a determinar si existeixen llinatges propis transmesos per via sexual, es van estudiar mitjançant WGS aïllats de N. meningitidis i E. coli provinent de mostres de ITS, per a identificar el serogrup, el resistoma, el contingut plasmídico, l'epidemiologia genòmica i la filogènia. Resultats: La major part dels aïllats de meningococ obtinguts presentaven mutacions en el cassette capsular o el locus nul. Entre els aïllats capsuladors el serogrup predominant va ser el B. La diversitat genètica va ser elevada entre els aïllats, sense el predomini de cap llinatge. Pel que respecta als E. coli productors de BLEE, el filogrupo B2 va ser el majoritari. Els secuenciotipos més freqüents van ser l'ST14 i l'ST131. Pel que respecta a la BLEE més detectada va ser el CTX-M-15, encara que cal destacar l'alta freqüència de CTX-M-27 i SHV-12. Conclusions: S'ha descartat la disseminació de llinatges específics de meningococ per via sexual en el nostre mitjà, encara que cal destacar la detecció de llinatges hipervirulentos considerats d'alt risc epidemiològic, com són el CC11, el CC213 i el CC32. Els aïllats d'E. coli pertanyien majoritàriament al filogrupo B2, responsable principalment d'infeccions extraintestinales. La distància genètica entre els aïllats dels ST majoritaris (ST14 i ST131) podria deure's a una recent transmissió, per la qual cosa possiblement hi ha transmissió sexual d'aquest microorganisme.