BacDupWeb: Desarrollo de una aplicación web para la visualización dinámica de duplicaciones génicas en bacterias

Abstract

Conocer la biología y la genética de las bacterias y otros patógenos, es de vital importancia para conocer mejor los mecanismos que influyen en el desarrollo de las infecciones en humanos. En concreto, son de una gran preocupación de salud pública, las infecciones bacterianas en entornos hospitalarios, infecciones que, en muchos casos, presentan gran virulencia. Uno de estos trabajos es el proyecto BacDup que centra sus esfuerzos en realizar un mapa preciso de las duplicaciones génicas a partir de las secuencias originales de cepas bacterianas, ya fueran obtenidas de novo u obtenidas de repositorios como RefSeq o GenBank. Disponer de un mapa de duplicaciones se considera de gran interés para ayudar a encontrar mecanismos de defensa a esta virulencia. El proyecto BacDupWeb que se presenta en esta memoria, es el complemento de BacDup que permite la visualización, manipulación, filtrado y estudio de los datos de duplicaciones. BacDupWeb ofrece la necesaria facilidad y velocidad de acceso a toda esta información para agilizar las posibles respuestas a estas infecciones.

Knowledge of the biology and genetics of bacteria and other pathogens is of vital importance to better understand the mechanisms that influence the development of infections in humans. In particular, bacterial infections in hospital environments are of great public health concern, infections that, in many cases, are highly virulent. One of these works is the BacDup project, which focuses its efforts on making an accurate map of gene duplications from the original sequences of bacterial strains, whether obtained de novo or from repositories such as RefSeq or GenBank. Having a map of duplications is considered of great interest to help find defense mechanisms to this virulence. The BacDupWeb project presented in this report is the BacDup complement that allows the visualization, manipulation, filtering and study of duplication data. BacDupWeb offers the necessary ease and speed of access to all this information to speed up possible responses to these infections.

Conèixer la biologia i la genètica dels bacteris i altres patògens, és de vital importància per a conèixer millor els mecanismes que influeixen en el desenvolupament de les infeccions en humans. En concret, són d'una gran preocupació de salut pública, les infeccions bacterianes en entorns hospitalaris, infeccions que, en molts casos, presenten gran virulència. Un d'aquests treballs és el projecte BacDup que centra els seus esforços a realitzar un mapa precís de les duplicacions gèniques a partir de les seqüències originals de ceps bacterians, ja fossin obtingudes de novo o obtingudes de repositoris com RefSeq o GenBank. Disposar d'un mapa de duplicacions es considera de gran interès per a ajudar a trobar mecanismes de defensa a aquesta virulència. El projecte BacDupWeb que es presenta en aquesta memòria, és el complement de BacDup que permet la visualització, manipulació, filtrat i estudi de les dades de duplicacions. BacDupWeb ofereix la necessària facilitat i velocitat d'accés a tota aquesta informació per a agilitar les possibles respostes a aquestes infeccions.