Quality comparison of published genomes: Definition of methods and techniques

Abstract

Based on recent versions of the genomes that are publicly available within the scienti c community, we have decided to investigate the quality of such existing genomes. The aim of this analysis is to evaluate current methods and techniques to measure and compare the quality of assemblies and annotations, considering genomes from di erent origins and evolutionary lineages (both from model and non-model organisms). The aim of this study is to further evaluate the consequences of the use of a poor-quality genome and avoid inaccuracies which are intrinsic in order to minimize the range of error in research. Moreover, we want to assess if by using genomes with different quality standards in research, we can optimize results. The above-mentioned questions justify the development for new methods and techniques which will help us control the quality of genomes and improve investigation in the future. The main objective of this project is the identi cation of varied techniques using a range of existing software technologies to automate and make the quality control of genomes more accessible for researchers, as well as the possibility to compare genome quality as a result.

Basado en versiones recientes de los genomas que están disponibles públicamente dentro de la comunidad científica, hemos decidido investigar la calidad de dichos genomas existentes. El objetivo de este análisis es evaluar los métodos y técnicas actuales para medir y comparar la calidad de los ensamblajes y anotaciones, considerando genomas de diferentes orígenes y linajes evolutivos (tanto de organismos modelo como no modelo). El objetivo de este estudio es evaluar más a fondo las consecuencias del uso de un genoma de baja calidad y evitar imprecisiones que son intrínsecas para minimizar el rango de error en la investigación. Además, queremos evaluar si mediante el uso de genomas con diferentes estándares de calidad en la investigación, podemos optimizar los resultados. Las preguntas mencionadas anteriormente justifican el desarrollo de nuevos métodos y técnicas que nos ayudarán a controlar la calidad de los genomas y mejorar la investigación en el futuro. El objetivo principal de este proyecto es la identificación de diversas técnicas que utilizan una gama de tecnologías de software existentes para automatizar y hacer que el control de calidad de los genomas sea más accesible para los investigadores, así como la posibilidad de comparar la calidad del genoma como resultado.

Basat en versions recents dels genomes que estan disponibles públicament dins de la comunitat científica, hem decidit investigar la qualitat d'aquests genomes existents. L'objectiu d'aquesta anàlisi és avaluar els mètodes i tècniques actuals per a mesurar i comparar la qualitat dels assemblatges i anotacions, considerant genomes de diferents orígens i llinatges evolutius (tant d'organismes model com no model). L'objectiu d'aquest estudi és avaluar més a fons les conseqüències de l'ús d'un genoma de baixa qualitat i evitar imprecisions que són intrínseques per a minimitzar el rang d'error en la recerca. A més, volem avaluar si mitjançant l'ús de genomes amb diferents estàndards de qualitat en la recerca, podem optimitzar els resultats. Les preguntes esmentades anteriorment justifiquen el desenvolupament de nous mètodes i tècniques que ens ajudaran a controlar la qualitat dels genomes i millorar la recerca en el futur. L'objectiu principal d'aquest projecte és la identificació de diverses tècniques que utilitzen una gamma de tecnologies de programari existent per a automatitzar i fer que el control de qualitat dels genomes sigui més accessible per als investigadors, així com la possibilitat de comparar la qualitat del genoma com a resultat.