Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/99306
Títol: | Estudio de la estructura poblacional de los géneros Escherichia y Shigella |
Autoria: | Chacón Vargas, Lucía |
Tutor: | Villanueva-Cañas, José Luis |
Altres: | Ventura, Carles |
Resum: | Escherichia i Shigella s'han diferenciat com dos gèneres diferents. No obstant això, amb els avenços en microbiologia s'ha vist que estan fortament relacionades. En aquest treball s'ha realitzat un estudi de les relacions filogenètiques i pangenómicas de 14.078 seqüències d'Escherichia i 1.781 de Shigella. Es van utilitzar seqüències genòmiques i d'aminoàcids de tots dos gèneres de la base de dades RefSeq. Es van eliminar les seqüències genòmiques redundants i es va generar la matriu de distàncies amb MASH. Els ceps de Shigella i d'Escherichia es van classificar per filogrupos segons l'algoritme del laboratori de Clermont. Es van crear clústers per gènere i per grup filogenètic amb UMAP (en R) i amb el programari Gephi. Amb Mmseqs2 es van buscar clústers de les seqüències d'aminoàcids. Es va realitzar el càlcul del pangenoma, coregenoma i genoma accessori i es van obtenir les gràfiques corresponents a R. Es van observar agrupacions en UMAP molt relacionats entre si, el que indica la proximitat genòmica de tots dos gèneres. Els ceps de Shigella classificades com filogrupo B1 (més del 90% del total) se situen en agrupacions molt properes al filogrupo B1 d'Escherichia. El pangenoma de tots dos gèneres junts i de cada un per separat segueix una distribució oberta. La mida del coregenoma va disminuint segons augmenta el nombre de genomes. Baixant el llindar al 85% o 95% de gens compartits, la mida del coregenoma es manté pràcticament constant. |
Paraules clau: | genòmica comparativa microbiologia filogènia Escherichia Shigella |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 5-jun-2019 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
Lucía_Chacón_TFM.docx | 3,52 MB | Microsoft Word XML | Veure/Obrir | |
lchaconvTFM0619memoria.pdf | Memoria del TFM en pdf | 3,36 MB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons