Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/10609/109166
Títol: | Predicción de la interacción de proteínas relacionadas con el Alzheimer a partir de su estructura primaria |
Autoria: | Pérez López, Carlos |
Tutor: | Sanchez-Martinez, Melchor |
Altres: | Canovas Izquierdo, Javier Luis |
Resum: | La malaltia de l'Alzheimer (EA) és una malaltia neurodegenerativa que afecta una gran quantitat de persones en l'actualitat. Encara s'està treballant en multitud de teràpies, no obstant això, els estudis per a l'elaboració de nous medicaments, són processos molt costosos; pel que s'està recorrent a tècniques computacionals de machine learning per a abaratir costos. En aquest treball s'entrenaran models de machine learning per a intentar predir si dues proteïnes interaccionen o no. Per a això, es recullen dades de proteïnes que intervenen en el procés de l'EA i s'estudia que proteïnes interaccionen amb elles (PPIs); d'altra banda, també es recullen dades dels repositoris de Intact i Negatome sobre proteïnes que es tenen proves experimentals que no interaccionen (nPPIs); també, s'aparellen proteïnes a l'atzar de Uniprot i s'assumeix que són nPPIs. A partir d'aquestes bases de dades, s'obtenen les estructures primàries de les proteïnes i es generen característiques en forma de dades quantitatives emprant les metodologies de Composició d'aminoàcids (AAC), Composició de dipéptids (DPC), Composició/Transició/Distribució (CTD) i Composició de pseudoaminoácids (PAAC). Per a elaborar els models, a partir d'aquestes característiques, s'empren els algorismes Support Vector Machine (SVM) i Random Forest (RF). Finalment s'obté que el model generat mitjançant SVM, emprant AAC i emprant la base de dades de Uniprot com a font de nPPIs és el que major capacitat de predicció i robustesa presenta. |
Paraules clau: | random forest interacció entre proteïnes màquines de vectors de suport |
Tipus de document: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Data de publicació: | 8-gen-2020 |
Llicència de publicació: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Apareix a les col·leccions: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
Arxius per aquest ítem:
Arxiu | Descripció | Mida | Format | |
---|---|---|---|---|
cperezlopezTFM0120memoria.pdf | Memoria del TFM | 619,82 kB | Adobe PDF | Veure/Obrir |
Comparteix:
Aquest ítem està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons