Impacto en la clínica del uso de diferentes genomas de referencia en la llamada de variantes

Abstract

El abaratamiento de los costes de secuenciación por NGS, unido a la rapidez con la que puede llevarse a cabo este tipo de técnica, ha permitido su utilización como técnica diagnóstica. Durante la llamada de variantes, se buscan diferencias entre la secuencia genética del individuo analizado y un genoma de referencia. La elección de éste genoma de referencia puede condicionar los resultados obtenidos. Dado que se han descrito numerosos SNVs que se consideran factores de riesgo para diversas patologías, la precisión en su detección cobra una importancia crucial. Este trabajo analiza la relevancia clínica de las posibles diferencias en la identificación de variantes causada por la elección de uno u otro genoma de referencia. Para ello, se llevó a cabo la llamada de variantes en muestras procedentes de secuenciación de exomas por NGS, utilizando los genomas de referencia hg19 y hg38, tras lo que se cuantificó las diferencias obtenidas en cada uno de los análisis y se clasificó aquellas variantes cuya detección difería con el uso de los diferentes genoma de referencia atendiendo a diferentes criterios, tras lo que se concluyó que es recomendable el uso de hg38 como genoma de referencia durante la llamada de variantes con fines clínicos.

The lowering of the sequencing costs by NGS, together with the speed with which this type of technique can be carried out, has allowed its use as a diagnostic technique. During the variant calling, differences are sought between the genetic sequence of the analyzed individual and a reference genome. The choice of this reference genome can condition the results obtained. Since numerous SNVs have been described that are considered risk factors for various pathologies, the accuracy of their detection is of crucial importance. This work analyzes the clinical relevance of the possible differences in the identification of variants caused by the choice of one or another reference genome. For this, the variant calling was carried out in samples from NGS exome sequencing, using the reference genomes hg19 and hg38, after which the differences obtained in each of the analysis were quantified and variants whose detection differed with the use of the different reference genomes were classified according to different criteria, after which, it was concluded that the use of hg38 as a reference genome is recommended during the variant calling for clinical purposes.

L'abaratiment dels costos de seqüenciació per NGS, unit a la rapidesa amb la qual pot dur-se a terme aquest tipus de tècnica, ha permès la seva utilització com a tècnica diagnòstica. Durant la crida de variants, es busquen diferències entre la seqüència genètica de l'individu analitzat i un genoma de referència. L'elecció d'aquest genoma de referència pot condicionar els resultats obtinguts. Atès que s'han descrit nombrosos SNVs que es consideren factors de risc per a diverses patologies, la precisió en la seva detecció cobra una importància crucial. Aquest treball analitza la rellevància clínica de les possibles diferències en la identificació de variants causada per l'elecció de l'un o l'altre genoma de referència. Per a això, es va dur a terme la crida de variants en mostres procedents de seqüenciació de exomas per NGS, utilitzant els genomes de referència hg19 i hg38, després del que es va quantificar les diferències obtingudes en cadascun de les anàlisis i es va classificar aquelles variants la detecció de les quals diferia amb l'ús dels diferents genoma de referència atenent diferents criteris, després del que es va concloure que és recomanable l'ús de hg38 com a genoma de referència durant la crida de variants amb finalitats clínics.