Semi-automatización del proceso de clasificación de variantes en cáncer hereditario

Abstract

La clasificación de variantes en cáncer hereditario se basa en la aplicación de un conjunto de evidencias de patogenicidad y benignidad establecidas por organismos internacionales. Actualmente, se determina manualmente el cumplimiento de estas evidencias, siendo un trabajo largo y tedioso. En este proyecto se ha desarrollado una herramienta que semi-automatiza este proceso. Este recurso recoge la información de 6 fuentes de acceso libre y la utiliza para calcular un conjunto de 11 evidencias. La herramienta consta de un documento en .xlsx, llamado Plantilla, y tres programas desarrollados en R: (1) Programa1 calcula las evidencias automatizables y proporciona un veredicto provisional de clasificación que se recoge en el fichero de clasificación de la variante, creado en base al documento Plantilla, (2) ProgramaBateria es una extensión de Programa1 para un listado de variantes, y (3) una vez el usuario ha revisado y completado el fichero de clasificación emitido por alguno de los anteriores programas, Programa2 (re)calcula las evidencias y emite un veredicto de clasificación mejorado. Se ha semi-automatizado el proceso para variantes del tipo: silent, missense, nonsense, frameshift, pequeñas deleciones e inserciones in-frame y variantes que afectan en al codón de inicio. En el caso de variantes que afectan al splicing, se ha automatizado el cálculo de la evidencia más compleja. También se ha elaborado un manual que resume las características, funciones y modo de uso del programa, a modo de guía para el usuario y soporte a futuras actualizaciones.

La classificació de variants en càncer hereditari es basa en l'aplicació d'un conjunt d'evidències de patogenicitat i benignitat establertes per organismes internacionals. Actualment, es determina manualment el compliment d'aquestes evidències, sent un treball llarg i tediós. En aquest projecte s'ha desenvolupat una eina que semi-automatitza aquest procés. Aquest recurs recull la informació de 6 fonts d'accés lliure i la utilitza per calcular un conjunt d'11 evidències. L'eina consta d'un document en .xlsx, anomenat Plantilla, i tres programes desenvolupats en R: (1) Programa1 calcula les evidències automatitzables i proporciona un veredicte provisional de classificació que es recull en el fitxer de classificació de la variant, creat sobre la base a el document Plantilla, (2) ProgramaBateria és una extensió de Programa1 per a un llistat de variants, i (3) un cop l'usuari ha revisat i completat el fitxer de classificació emès per algun dels anteriors programes, Programa2 (re) calcula les evidències i emet un veredicte de classificació millorat. S'ha semi-automatitzat el procés per a variants de l'tipus: silent, missense, nonsense, Frameshift, petites delecions i insercions in-frame i variants que afecten a a el codó d'inici. En el cas de variants que afecten el splicing, s'ha automatitzat el càlcul de l'evidència més complexa. També s'ha elaborat un manual que resumeix les característiques, funcions i manera d'ús de el programa, a manera de guia per a l'usuari i suport a futures actualitzacions.

The classification of variants in hereditary cancer is based on the application of a set of evidence of pathogenicity and benignity established by international organizations. Currently, compliance with these evidences is determined manually, being a long and tedious job. In this project, a tool has been developed that semi-automates this process. This resource collects information from 6 open access sources and uses it to calculate a set of 11 pieces of evidence. The tool consists of a document in .xlsx, called Template, and three programs developed in R: (1) Program1 calculates the automatable evidences and provides a provisional classification verdict that is collected in the classification file of the variant, created based on to the Template document, (2) ProgramaBateria is an extension of Programa1 for a list of variants, and (3) once the user has reviewed and completed the classification file issued by any of the previous programs, Programa2 (re) calculates the evidences and renders an improved classification verdict. The process has been semi-automated for variants of the type: silent, missense, nonsense, frameshift, small deletions and in-frame insertions and variants that affect the start codon. In the case of variants that affect splicing, the calculation of the most complex evidence has been automated. A manual has also been prepared that summarizes the program's characteristics, functions, and how to use it, as a guide for the user and to support future updates.