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http://hdl.handle.net/10609/133107
Título : | Visual EccDNA: An interactive Shiny Dashboard for extrachromosomal circular DNA data output visualization and analysis |
Autoría: | García Vicente, Ainhoa |
Tutor: | Araúzo-Bravo, Marcos J. |
Otros: | Mallona, Izaskun |
Resumen : | Es sabido desde hace tiempo que algunas células cancerosas presentan pequeñas partículas de material genético fuera de los cromosomas, lo que se conoce como DNA circular extracromosómico (eccDNA). Durante estos últimos años y gracias a la combinación de métodos de purificación y amplificación del DNA, y con el uso de métodos computacionales para su posterior análisis, se ha logrado caracterizar estos círculos, descubriendo muchas veces genes implicados en el crecimiento tumoral y en la resistencia a medicamentos. Cada vez queda más patente la relación entre la presencia de eccDNA y los cánceres con peor pronóstico. En este ámbito, el doctor Marcos Arauzo y su equipo de biología computacional en el Instituto de Investigación Médica Biodonostia, se encuentran en un programa de colaboración europeo intentando mejorar la detección temprana de eccDNA en pacientes oncológicos, caracterizar los oncogenes componentes de estos círculos así como cuantificar el grado de sobreexpresión de los mismos. Se trata de un proyecto multidisciplinar, por lo que el motivo de este trabajo final de máster surge de la necesidad de interpretación de los resultados obtenidos por los distintos grupos trabajando en este proyecto. En este trabajo se detalla el desarrollo de Visual EccDNA, una aplicación basada en R y la librería Shiny, que partiendo de los archivos obtenidos tras el mapeado de secuencias de eccDNA, permite visualizar y navegar por los resultados una manera dinámica e interactiva. |
Palabras clave : | eccADN oncogenes visualización de datos |
Tipo de documento: | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Fecha de publicación : | 8-jun-2021 |
Licencia de publicación: | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
Aparece en las colecciones: | Trabajos finales de carrera, trabajos de investigación, etc. |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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agarcia18TFM0621memory.pdf | TFM Memory | 1,61 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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