Análisis transcriptómico en pacientes con infección del virus SARS-CoV-2. Identificación de asociación de perfiles de riesgo/protectores frente a la enfermedad

Abstract

El SARS-CoV2 es un virus de la familia Coronaviridae, causante de la enfermedad COVID-19, capaz de producir un síndrome respiratorio agudo severo. Este agente, es el responsable de la situación de pandemia mundial declarada en el primer trimestre del 2020 y que aún sigue vigente, en la que se han infectado más de 277 millones de personas en todo el mundo, falleciendo más de 5 millones como causa directa de la enfermedad. Se ha establecido hasta el momento una serie de variables clínicas relacionadas con un peor pronostico de esta patología (HTA, dislipemia, sedentarismo, etc) y variables genéticas, tales como genes codificantes de HLA III, HLA-A, HLA-B, HLA-C, IFN, TNF¿, IL-6 e IL-8 entre otros. En este trabajo se estudian los cambios en la expresión generada en el transcriptoma de pacientes infectados por SARS-CoV2 y que han desarrollado diferentes grados de severidad del síndrome secundario a la infección. Se ha realizado un análisis mediante RNA-seq empleando diversas herramientas bioinformáticas. Como resultado se obtienen 2042 genes diferencialmente expresados entre pacientes clasificados como grave (CV) frente a aquellos clasificados como críticos (UCI). De esta manera, encontramos algunos genes que pueden explicar distintos niveles de gravedad del COVID-19, tales como PGLYRP1, HDAC9 y FUT4 . Asimismo existen otros con potencial real para su futuro análisis: ABCF1, ABHD16A y IER3 entre otros.

SARS-CoV2 is a virus of the Coronaviridae family, which causes the disease COVID-19, capable of producing severe acute respiratory syndrome. This agent is responsible for the global pandemic situation declared in the first quarter of 2020 and which is still in force, in which more than 277 million people have been infected worldwide, with more than 5 million dying as a direct cause of the disease. A series of clinical variables related to a worse prognosis of this pathology (hypertension, dyslipidemia, sedentary lifestyle, etc) and genetic variables, such as genes coding for HLA III, HLA-A, HLA-B, HLA-C, IFN, TNF¿, IL-6 and IL-8 among others, have been established so far. In this work we study the changes in the expression generated in the transcriptome of patients infected by SARS-CoV2 and who have developed different degrees of severity of the syndrome secondary to the infection. An RNA-seq analysis has been performed using several bioinformatics tools. As a result, we obtained 2042 genes differentially expressed between patients classified as severe (CV) versus those classified as critical (ICU). Thus, we found some genes that can explain different levels of severity of COVID-19, such as PGLYRP1, HDAC9 and FUT4 . There are also others with real potential for future analysis: ABCF1, ABHD16A and IER3 among others.

El SARS-CoV2 és un virus de la família Coronaviridae, causant de la malaltia COVID-19, capaç de produir una síndrome respiratòria aguda sever. Aquest agent, és el responsable de la situació de pandèmia mundial declarada en el primer trimestre del 2020 i que encara continua vigent, en la qual s'han infectat més de 277 milions de persones a tot el món, morint més de 5 milions com a causa directa de la malaltia. S'ha establert fins al moment una sèrie de variables clíniques relacionades amb un pitjor pronostico d'aquesta patologia (HTA, dislipèmia, sedentarisme, etc) i variables genètiques, com ara gens codificants de HLA III, HLA-A, HLA-B, HLA-C, IFN, TNF, IL-6 i IL-8 entre altres. En aquest treball s'estudien els canvis en l'expressió generada en el transcriptoma de pacients infectats per SARS-*CoV2 i que han desenvolupat diferents graus de severitat de la síndrome secundària a la infecció. S'ha realitzat una anàlisi mitjançant RNA-seq emprant diverses eines bioinformàtiques. Com a resultat s'obtenen 2042 gens diferencialment expressats entre pacients classificats com a greu (CV) enfront d'aquells classificats com a crítics (UCI). D'aquesta manera, trobem alguns gens que poden explicar diferents nivells de gravetat del COVID-19, com ara PGLYRP1, HDAC9 i FUT4 . Així mateix existeixen uns altres amb potencial real per a la seva futura anàlisi: ABCF1, ABHD16A i IER3 entre altres.